建炎四年（1130年）农历九月十五日，朱熹出生于尤溪县城水南郑义斋馆舍，乳名沈郞。朱熹出生时右眼角长有七颗黑痣，排列如北斗。绍兴五年（1135年），五岁时，朱熹始入小学，能读懂《孝经》，在书额题字自勉：“若不如此，便不成人。”六岁时，朱熹与群儿游玩，以指画八卦于郑氏馆舍前沙洲上。向父亲问日、问天。七年，朱松应召入都，赴都之前，他把妻子祝氏和朱熹送到建州浦城寓居。十三年，朱松病逝于建瓯，临终前把朱熹托付给崇安五夫好友刘子羽（朱熹义父），又写信请五夫的刘子翚（屏山）、刘勉之（白水）、胡宪（籍溪）等三位学养深厚的朋友代为教育朱熹。刘子羽视朱熹如己出，在其舍傍筑室安置朱熹一家，名曰紫阳楼。十七年，朱熹18岁，在建州乡试中考取贡生。十八年春，刘勉之将自己的女儿刘清四许配给朱熹。同年三月朱熹入都科举，中王佐榜第五甲第九十名，准勅赐同进士出身。二十一年，朱熹再次入都铨试中等，授左迪功郎、泉州同安县主簿。二十三年夏，朱熹赴同安途中，受学于延平李侗。秋七月，朱熹至同安。以其“敦礼义、厚风俗、劾吏奸、恤民隐”的治县之法管理县事，排解同安、晋江两县械斗，整顿县学、倡建“教思堂”，在文庙大成殿倡建“经史阁”，主张减免经总制钱。二十七年，朱熹任满罢归。二十八年，朱熹已意识到“妄佛求仙之世风，凋敝民气，耗散国力，有碍国家中兴”，打算重新踏上求师之路，决心拜李侗为师，因得承袭二程“洛学”的正统，奠定了朱熹以后学说的基础。题写的“鸢飞鱼跃”四字匾额。

朱熹归自同安，不求仕进，主要进行教育和着述活动。绍兴三十二年，宋孝宗即位，诏求臣民意见。朱熹应诏上封事，力陈反和主战、反佛崇儒的主张，详陈讲学明理、定计恢复、任贤修政的意见。隆兴元年十月，朱熹应诏入对垂拱殿，向宋孝宗面奏三札：一札论正心诚意、格物致知之学，反对老、佛异端之学，二札论外攘夷狄之复仇大义，反对和议，三札论内修政事之道，反对宠信佞臣。但当时汤思退为相，主张和议。朱熹的抗金主张没有被采纳。十一月，朝廷任朱熹为国子监武学博士。朱熹辞职不就，请祠归崇安。南宋乾道三年八月，朱熹在林择之、范念德的陪同下前往潭州访问湖湘学派代表张栻。《东归乱稿》成。四年，崇安发生水灾。朱熹力劝豪民发藏粟赈饥，还向官府请贷粮食六百斛散发于民，使民不致挨饿。五年，朱熹悟到“中和旧说”之非，用“敬”和“双修”思想重读程颢、程颐着作，从全新角度独创“中和新说”。这是在学术史上具有划时代意义、影响十分深远的重大事件，标志朱熹哲学思想的成熟。

乾道五年九月，朱熹母去世，朱熹建寒泉精舍为母守墓，开始了长达六年之久的寒泉着述时期。七年五月，为了根本上解决百姓灾年生计问题，在五夫创建“社仓”。这种做法可以减轻贫民困难，缓和社会矛盾，也减轻朝廷的施政压力，后为许多地方所仿效。十一月，朱熹回尤溪，与知县、好友石子重讲论学问于县学。在石子重的陪同下，游览其父朱松任尤溪县尉时燕居之所“韦斋”旧址，手书“韦斋旧治”四字刻石揭榜。九年，作《重修尤溪庙学记》，亲书“明伦堂”制匾悬挂于尤溪县学宫正堂。从此天下学宫匾皆模此刻制悬挂。

宋朝淳熙二年正月，吕祖谦从浙江东阳来访朱熹，在寒泉精舍相聚一个半月，编次《近思录》成，史称“寒泉之会”。五月，送吕祖谦至信州鹅湖寺，陆九龄、陆九渊及刘清之皆来会，史称“鹅湖之会”。鹅湖之会的直接动因是吕祖谦想利用这个机会调和朱、陆学说之间的矛盾。在学术上，朱熹认为心与理是两个不同的概念，理是本体，心是认识的主体。二陆主张心与理是一回事，坚持以心来统贯主体与客体。朱熹与陆氏兄弟论辩、讲学达十日之久。鹅湖之会并没有达到双方统一思想的目的，但使他们各自对对方的思想及其分歧有了进一步认识，也促使他们自觉不自觉地对自己的思想进行反省。

淳熙五年，宋孝宗任朱熹知南康军兼管内劝农事。淳熙六年三月，朱熹到任。当年适逢大旱，灾害严重，朱熹到任后，即着手兴修水利，抗灾救荒，奏乞蠲免星子县税钱，使灾民得以生活。十月，朱熹行视陂塘时，在樵夫的指点下找到白鹿洞书院的废址。经朱熹的竭力倡导，到淳熙七年三月，白鹿洞书院很快修复。朱熹在南康军任上，为白鹿洞书院殚精竭虑，不遗余力。他曾自兼洞主，延请名师，充实图书，还请皇帝勅额，赐御书。还置办学田，供养贫穷学子，并亲自订立学规，即着名的《白鹿洞书院教规》。《白鹿洞书院教规》是世界教育史上最早的教育规章制度之一，对教育目的、训练纲目、学习程序及修己治人道理，都一一作了明确的阐述和详细的规定，它不仅成为后续中国封建社会700年书院办学的模式，而且为世界教育界瞩目，成为国内外教育家研究教育制度的重要课题。八年二月，陆九渊来南康访朱熹，相与讲学白鹿洞书院。八月，时浙东大饥。因朱熹在南康救荒有方，宰相王淮荐朱熹赈灾，提举浙东常平茶盐公事。为解救灾民，朱熹迅速采取了几项有力措施。朱熹因在浙东劾奏前知台州唐仲友不法，为唐之姻亲王淮所嫉，浙东任职仅九个月即离任回家。朱熹曾先后六次上状奏劾唐仲友不法，直指王淮与唐仲友上下串通勾结的事实。迫于压力，王淮免去唐仲友江西提刑新任，在弹劾唐仲友的过程中，朱熹表现出崇高的操守和气节。

淳熙九年，朱熹52岁时，才将《大学章句》《中庸章句》《论语集注》《孟子集注》四书合刊，经学史上的“四书”之名才第一次出现。之后，朱熹仍呕心沥血修改《四书集注》，临终前一天朱熹还在修改《大学章句》。朱熹将《四书》定为封建士子修身的准则，《四书》构成了朱熹的一个完整的理学思想体系。元朝迄至明清，《四书集注》遂长期为历代封建王朝所垂青，作为治国之本，也作为人们思想行为的规范，成为封建科举的标准教科书。淳熙十年，朱熹在武夷山九曲溪畔大隐屏峰脚下创建武夷精舍，潜心着书立说，广收门徒，聚众讲学。淳熙十二年，朱熹到浙江，与陈亮展开义利王霸辩论，力陈浙学之非。十五年十一月，上《戊申封事》。主张“正心”、“任选大臣”、“振举朝纲”等事。淳熙十六年（1189年），诏命朱熹知漳州。

绍熙元年，61岁的朱熹到漳州赴任。朱熹在漳州的全部施政变革，主要体现在正经界、蠲（免）横赋、敦风俗、播儒教和劾奸吏等方面，而正经界则是他全部变革的灵魂。时值当地土地兼并之风盛行，官僚地主倚势吞并农民耕地，而税额没有随地划归地主，至使“田税不均”，失地农民受到更为沉重的剥削，导致阶级矛盾激化。为此，朱熹提出行“经界”，即核实田亩，随地亩纳税。这一建议势必减轻农民负担，但却损害大地主的利益，所以遭到后者的强烈反对，“经界”终于未能推行。二年正月，朱熹长子朱塾卒。闻噩耗后，朱熹无奈以治子丧请祠。五月，朱熹迁居建阳。次年，承父志建“竹林精舍”，后更名为“沧洲精舍”，即淳佑四年诏赐的“考亭书院”。

绍熙五年（1194年），湖南瑶民蒲来矢起义，震动了朝野，湖南地方局势骤然紧张起来。朱熹临危受命，除知潭州、荆湖南路安抚，赐紫章服。具有道学家傲骨、强烈忧国忧民心态的朱熹，不敢推辞朝命，欣然拜命前往赴任。五月，朱熹至潭州。此时，瑶民已败退深山，被困溪洞。朱熹采取了善后招抚的怀柔政策，遣使招降瑶民起义军首领蒲来矢。因本次镇压瑶民起义是湖北、湖南两地的共同行动，朱熹的招抚遭到了湖北帅王蔺的反对，在蒲来矢押解后，王蔺主张斩杀以警众。朱熹不得不在入都奏事中，直接向宋宁宗面恳，要求对瑶民“毋失大信”。朱熹到任后，兴学校，广教化，督吏治，敦民风。朱熹改建、扩建了位于湖南长沙岳麓山下的岳麓书院，空余时间亲自到此讲课，使岳麓书院成为南宋全国四大书院之一。五年八月，朱熹除焕章阁待制兼侍讲。九月，朱熹于行宫便殿奏事。第一札要宋宁宗正心诚意，第二札要宋宁宗读经穷理，第三、四、五札论潭州善后事宜。十月十四日，朱熹奉诏进讲《大学》，反复强调“格物、致知、诚意、正心、修身、齐家、治国、平天下”八目，希望通过匡正君德来限制君权的滥用，引起宋宁宗和执政韩侂胄的不满。因此，朱熹在朝仅46日，被宋宁宗内批罢去了待制兼侍讲之职。绍熙五年十一月，朱熹还居建阳考亭。

宋朝庆元二年（1196）十二月，“党禁”正式发生。监察御史沈继祖以捕风捉影、移花接木、颠倒捏造手法奏劾朱熹“十大罪状”，朝廷权贵对理学掀起了一场史所罕见的残酷清算，效法北宋元佑党籍的故伎，开列了一份五十九人的伪逆党籍，名列党籍者都受到了不同程度的处罚。朱熹被斥之为“伪学魁首”，位列黑名单之中的第五位，有人竟提出“斩朱熹以绝伪学”。朱熹以伪学罪首落职罢祠，朱子门人流放的流放，坐牢的坐牢，遭到严重打击。五年，朱熹已被各种疾病所困扰，党禁中的朱熹终于预感到死亡的逼近，使他有大限临头的不祥预感，更加抓紧着述。六年入春以后，朱熹足疾大发，病情恶化。朱熹生命垂危，左眼已瞎，右眼也几乎完全失明。朱熹却以更旺盛的精力加紧整理残篇，唯一的愿望就是要将自己生平的所有着作全部完稿，使道统后继有人。三月初九，71岁的朱熹在血雨腥风的“庆元党禁”运动中去世。四方道学信徒决定在十一月聚集在信州举行大规模的会葬，这又吓坏了反道学的当权者，竟令守臣约束。十一月，朱熹葬于建阳县黄坑大林谷，参加会葬者仍然有近千人之多。

朱熹死后，被谥为“文公“，赠宝谟阁直学士，又追封徽国公等。