1540年8月加尔文与伊德莉特·司徒德，一位重洗派寡妇结合。伊德莉特从前夫带来一儿一女。1542年7月28日，他们头生儿子雅各出生，不幸于二周后离世。加尔文在写给朋友威雷的信中说道，主借着我们幼子之死施予沉重苦痛的创伤。但是主自己就是一位父亲，他最知道什么是对他儿女有益的。“伊德莉特从此一直身体羸弱。他们又生了两个孩子，孩子都在出生时或出生后不久故去。1549年3月29日，伊德莉特病逝，病因很可能是肺结核。

加尔文为了缓解他的胃病和偏头痛，一天只吃一顿饭，且从不加餐。有时一个月要讲道二十次左右，办神学讲座十二次之多，仍然要抽时间探望病人，勉励信徒，料理教会事物。

1537年1月，加尔文向日内瓦议会提出成立新的市政府方案，未获批准。1541年11月，加尔文重返日内瓦时，方案被议会通过，定为法律。方案主张成立由长老、市议员和市政官等组成的宗教法庭，密切监视每个人的生活和行动。从宗教法庭的所做所为，同样可以清楚地看出加尔文宗教改革的资产阶级性质。

加尔文规定：长老发现干“坏事”的人，马上提醒教区长进行规劝，邻居和亲属也有相劝的责任；规劝无效，就发出警告并向全体教徒公布；如果仍然无效，则开除出教。开除出教的人被认为是受魔鬼支配的人，可听传道受教育，但不能与信徒随便交谈。方案规定每个居民必须“表白和说明他们的信仰”，以便长老知晓“谁赞成福音，谁不赞成福音并喜爱教皇的王国甚于耶稣基督的王国”。

宗教法庭每星期四举行一次例会，称“星期四晨会”，任务是检查有无违法乱纪现象，共同商量应当采取的补救措施。加尔文虽非宗教法庭正式成员，但经常出席法庭例会，是法庭的实际负责人。宗教法庭虽然镇压天主教会的反抗活动，但对群众的控制也很严，稍有不从，便施加劝告、罚款、监禁，甚至驱逐出境或活活烧死。我们从加尔文拟定的关于日内瓦郊区农村的法规，可以看到对群众的控制达到何等程度。

法规规定：星期天，除非遇到有人需要留在家里照料孩子或家畜，全家人都应当去听讲道。如果有人在讲道开始以后到会，予以警告。假如还不改正，罚款三个苏铜币。还规定：对念玫瑰经、崇拜偶像、朝圣、望弥撒、举行天主教斋戒、遵行宗教节日以及对所谓攻击上帝的语言或渎神的人，根据不同情节进行劝告、监禁、以口吻地、罚款或送交法庭惩处。为了提倡资产阶级的节俭，加尔文规定：凡唱下流放荡的歌曲、跳维罗拉舞或其它任何舞蹈者监禁三天，然后送交议会。对喝醉酒、赌博、吵架的人，也照此办理。

许多优秀的人物，包括着名的学者、医生和大批再洗礼派信徒，因批评加尔文的主张横遭迫害。着名的人文主义者、教师卡斯特里奥批评加尔文后长期受迫害，只好离开日内瓦。医生波尔赛克因为在星期五的群众大会上公开批评先定论，被驱逐出境。

加尔文的神学思想在许多方面同路德宗相同，如强调圣经是基督教信仰的唯一根据和权威，认为人类在亚当堕落之后，完全败坏，失去意志自由；主张因信称义，不能靠行为得救等。加尔文还继承发展了奥古斯丁的预定论，从上帝的至尊谕令和全能出发，认为上帝在创世以前，即预先选定一些人得救，和决定另一些人沉沦，这种预定论是加尔文神学体系的基石。

在政教关系上，加尔文认为政权是上帝按其神圣意志所任命的，要为人民造福，并扞卫纯正的教义和教会。关于圣餐礼，加尔文的立场介于路德和U.茨温利两人之间，从形式上看，似乎更接近茨温利，但从实质上分析，应该说更接近路德。他反对天主教的变体论和路德的同体论，但也否定纪念说。他明确地肯定在圣餐中凭信心所领受的，是一种真实的，但是属灵的身体。这种主张，后被称为灵性的“真实存在论”。加尔文还在可见的教会和不可见的教会之间作了明确划分，并强调教会自治的原则。

虽然他在《基督教要义》中未另辟一章节还清楚说明他的圣灵论，但是从他的论述中可以知道他对圣灵工作的观点。对加尔文来说，上帝的灵与上帝的工作同时进行，而促成人的“相信”，当圣灵在人心中运行光照人心，使人在读了上帝的话而产生信心。所以人非用理性接受信仰，亦非用理性确认圣经的权威，而是圣灵那奥秘的力量所做的工作。