接着齐天大圣孙悟空说道魏晋时期道教神仙队伍已十分庞大。到了南朝梁代，著名道教理论家陶弘景写的真灵位业图作为第一个较为系统的道教神谱，开始出现。在这神谱中，陶弘景将神仙分为七个等级，每个等级设位，有一个神仙主持，中位之外又分设左位，右位若干席位，安排诸神。七个等级高低有别，以第一等级为最高，以此分级，秩序井然。各等级除了中位主神外，还有左右诸位神仙，数量各不相等，如第一等级左位29神外，右位19神。第三等级左位50余神，右位30余神。这些左右诸神仙，有的是历史上的帝王、将相或圣人先贤，如第三等级的孔子、颜回、庄子第七等级的秦始皇、汉高祖、齐桓公、晋文公、魏武帝、刘备、李广、韩遂、孙策、徐庶等。有的是道教著名领袖，如第二等级的魏华存、许穆、许拥是道教上清派的创始人，徐来勒、葛玄是灵宝派的创始人，而第四阶次的张陵是天师道的鼻祖，葛洪是道教的大理论家。有的是神话传说人物，如第三阶次的黄帝、唐尧、虞舜、夏禹，第四阶次的赤松子、鬼谷子等等。总之，神谱中各色各样的人物都有，且大都是赫赫有名的人物，对社会做出了巨大贡献的人物。
陶弘景整编真灵位业图，奉虚皇道君元始天尊、太上道君灵宝天尊、后圣金阙帝君、太上老君道德天尊等为最高神。灵宝派以灵宝天尊、元始天尊地位为最尊，而天师道则尊太上老君为最高神。三派各行其是，在最高神问题上彼此不完全认同，随着道教的发展和各派的互相交融，大概在南北朝末期，出现了统一的最高尊神“三清”，即元始天尊、灵宝天尊、道德天尊。三清神的出现，标志着道教神仙谱系的最终定型4。
“三清”尊神的建立，却经历了一较长的发展过程。道教初创时，是以老子为其始祖，称之为太上老君又称太上道君，尊奉为最高神灵。例如于吉等人所编的太平经和张陵等人所造作的道书，皆托名为老君所授，直至北魏寇谦之所撰的云中音诵新科之诫和录图真经以及他的“天师”称号，皆托名老君所赐。这是包括太平道和五斗米道在内的早期道教的一个共同特点。乃至以后的全真道道统渊源，仍称太上老君传于金母，金母传白云上真，白云上真传王玄甫，王玄甫传钟离权。钟离权授吕洞宾和刘海蟾，吕洞宾授王重阳，重阳授北七真。将全真道统上溯到老子，并尊王玄甫为全真道的始祖。及至东晋中后期上清、灵宝等道派出现后，对道教最高尊神的观念便发生了变化。这些新起的道派，便不再尊奉太上老君为最高尊神了，而是以元始天王或元始天尊与太上大道君的地位最尊。在这两派的经书中也提到太上老君，但往往把它摆在一个次要的地位，有些经书甚至把它作为元始天尊或元始天王和太上道君的弟子看待。这种分歧，在魏书释老志和隋书经籍志对道教的介绍中，便可明显地看出来。魏书卷一百一十四释老志说：“道家之原，出于老子。其自言也，先天地生，以资万类。上处玉京，为神王之宗下在紫微，为飞仙之主。”5
这显然是反映了天师道以老子为最高尊神的思想。隋书卷三十五经籍志四则称：“道经者，云有元始天尊，生于太元之先，禀自然之气，冲虚凝远，莫知其极……以为天尊之体，常存不灭，每至天地初开，或在玉京之上，或在穷桑之野，授以秘道，谓之开劫度人。……。”
天师道与上清、灵宝等三个主要道派在道教最高尊神的观念方面，分歧既然有如此之大，即道教经书既有大中小之分，则造说这些经书的教主也势必会有先后等级的差别，在云笈七笺卷六三洞经教部之三洞并序里即称：“三洞既降，遂有大小中乘、初中后法三种分别。”在三洞尊神之间，如何划分先后等级的差别呢？故道教又有“一气化三清”之说。在上引九天生神章经里即含有三清皆由道气所化之意，在三洞并序中说：“又三洞之元，本同道气道气惟一，应用分三，皆以诱俗修仙，从凡证道，皆渐差别，故有三名。”即是说，三洞的本元，都是来自同一的道气，只是应用不同，才分为三个不同的名称。尽管如此，但具体到究竟是由谁一气化三清呢？则又有不同说法。一种意见是认为，道教的三清是由大罗天的玄、元、始三气所化而成。如大约为东晋或南北朝初年出世的太真科就说：“三天最上号曰大罗，是道境极地，妙气本一，唯此大罗生玄元始三燕，化为三清天也。一日清微天玉清境，始气所成二日禹余天上清境，元气所成三日大赤天太清境，玄气所成。”这种说法，并未解决三清尊神之间先后等级的实质问题，而且还会引来住大罗天的尊神是谁，三清尊神是否为这位尊神所化而成等一系列的问题，故道教通常又有另外两种说法，一种说法是认为，三清是由太上一气所化，上清派道士多主张之。三洞并序引证业报经和应化经说：“天尊日：吾以道气，化育群方，从劫到劫，因时立化。吾以龙汉元年，号无形天尊，亦名天宝君，化在玉清境，说洞真经十二部，以教天中九圣，大乘之道也。……吾以延康元年，号无始天尊，亦名灵宝君，化在上清境，说洞玄经十二部，以教天中九真，中乘之道也。……吾以赤明之年，号梵形天尊，亦名神宝君，化在太清境，说洞神经十二部，以教天中九仙，小乘之道也。”这就说，三洞尊神都是太上老君在不同时期的化身，三洞经书也都是太上老君在不同时期所说，这样对道教各派便不会产生等级高下之分，导致教派之间的矛盾了。