有部分星系被分类为活跃星系。它们中心通常有一个超大质量黑洞，其辐射的巨大能量被认为是物质掉落入黑洞所产生的。

以X射线的形式，辐射出高能量的星系被分类为赛弗特星系、类星体、或蝎虎座BL类星体。从由核心喷发出的相对喷流发射出无线电频率的活跃星系被分类为无线电星系。在统一场论的星系模型中，这些不同类的星系被解释为从不同角度观察所得到的结果。

不规则星系外形不规则，没有明显的核和旋臂。它们用字母Irr表示。在全天最亮星系中，不规则星系只占5%。按星系分类法，不规则星系分为Irr I型和Irr II型两类。I型的是典型的不规则星系，除具有上述的一般特征外，有的还有隐约可见不甚规则的棒状结构。它们质量为太阳的一亿倍到十亿倍，也有可高达100亿倍太阳质量的。它们的体积较小，长径的幅度为2~9千秒差距。Irr I的星族成分和Sc型螺旋星系相似，通常是O-B型星、电离氢区、气体和尘埃等年轻的星族I天体。Irr II型的具有无定型的外貌，分辨不出恒星和星团等组成成分，而且往往有明显的尘埃带。一部分II型不规则星系可能是正在爆发或爆发后的星系，另一些则是受伴星系的引力扰动而扭曲了的星系。所以I型和II型不规则星系的起源可能完全不同。

按照星系之间是否有隶属关系，将宇宙中的星系划分为独立星系和从属星系。在宇宙空间中独立运行，它没有环绕中心体旋转，这样的星系叫做独立星系。而环绕中心体运行的星系如太阳系绕银心运转，地月星系绕太阳运转，这样的星系叫做从属星系。

按照中心星是否旋转，划分为核旋转星系和核不旋转星系。在宇宙中独立星系它的核有的旋转有的不旋转。而从属星系它的核都是旋转的。

按照星系所在的空间位置，划分为系内星系和宇宙星系。凡是在星系内运动的星系叫做系内星系；凡是在星系外宇宙空间里独立运动的星系叫做宇宙星系。

按照星系形成的年龄，划分为年老星系和年轻星系。凡是那些在宇宙空间中或在星系内部形成时间比较长年龄大的星系叫做年老星系，年老的星系大都已演化成为比较规则的星系；在宇宙空间或在星系内部有的星系刚刚形成或形成不久，这样的星系叫做年轻的星系，年轻的星系大都呈不规则状态。

按照星系中星球的关系，划分为中心式星系和伴星式星系。由众小质量星球绕大质量星球运动所组成的星系叫做中心式星系，如太阳系、银河系等；由两颗星球互绕二者中心质点运动所组成的星系叫做伴星式星系，如地球和月亮所组成的地月星系。

还有一些星系分类方法：德沃古勒分类系统、叶凯士分类系统和范登伯分类系统是在哈勃分类法的基础上进行了发展和细化，利用了光的中心聚集度或光度级等作为星系形态分类的参数。