决赛结束后，宁风致使用七宝琉璃塔为唐三治疗，意外导致小舞十万年柔骨兔化形成人的身份曝光。

武魂殿教皇比比东下令活捉小舞，独孤博立即冲向小舞和唐三，意图将他们带离这里，化解史莱克学院其他人的危局。不过比比东并没有坐视独孤博行动，她直接释放出十万年魂环把独孤博压制的无法动弹。

之后，唐三和小舞被唐昊救走，武魂殿失去针对史莱克的理由，只能将史莱克学院成员驱赶出武魂城。

五年后，独孤博在保护雪崩时偶遇唐三，并得知唐三这五年的经过。独孤博告诉唐三天斗帝国的皇室密辛，让唐三对雪清河的印象发生了一定的改变，并促使他成立唐门。

之后，独孤博继续调查雪清河，并努力帮身中混毒的雪夜大帝解毒。

独孤博用碧磷蛇皇之毒，采取以毒攻毒之法，将混毒效果尽可能抵消掉，然后再通过药物慢慢调理。可原本情况已经稳定下来的雪夜大帝，却突然再次毒发。

原来这混毒竟然是多重混毒，以毒攻毒之法已经不能再使用，独孤博只好找唐三来帮忙。

唐三带上比独孤博更为精通药理的杨无敌，三人一同前往天斗皇宫。

来到天斗皇宫，三人发现整座皇宫都被雪清河掌控。

战斗一触即发，但雪清河早已为独孤博专门请来了刺豚斗罗和蛇矛斗罗，虽然蛇矛斗罗被杨无敌缠住，但拥有吞噬毒素再转化为自身攻击力的能力的刺豚斗罗还是让独孤博非常难受，只能转攻为守。

当千仞雪因为大意而被唐三体内的小舞打晕的同时，独孤博与杨无敌联手重创刺豚斗罗，在前来支援的黄金铁三角护送下救走了雪夜大帝。

五年后，天斗帝国和星罗帝国同时向立国的武魂帝国宣战，史莱克六怪和七宝琉璃宗、唐门各方高手跟随天斗百万大军向武魂帝国最重要的要塞嘉陵关进发。

十天后，唐三来到前线，带领独孤博、史莱克六怪和杨无敌重创武魂帝国圣龙军团。

反应过来的比比东率领八位封号斗罗对付独孤博等人，独孤博遇上的是老仇人刺豚斗罗。被克制的独孤博无法继续放毒，只能施展武魂真身和刺豚斗罗硬碰硬。

天斗大军取得第一战胜利后，唐三用计重伤比比东。

趁着比比东修养期间，天斗大军发动总攻，唐三和尘心联手破除嘉陵关的守城器械，给天斗大军制造出一条直通嘉陵关的道路。

而独孤博等人负责对付武魂帝国顶级战力，独孤博再次找上刺豚斗罗。

第二战最终因为武魂帝国六位九十五级以上的供奉到来而被迫结束，天斗大军在昊天宗援军的掩护下撤离嘉陵关。

近一个月后，以传承海神神位的唐三为首的史莱克六怪回到嘉陵关。

在唐三与千仞雪决战于万米高空，武魂帝国最强大的那批魂师都被以史莱克六怪和唐昊、唐啸兄弟为首的天斗帝国魂师缠住的时候，独孤博向嘉陵关的地面全力释放碧磷蛇皇毒。

毒气升起之时，带给武魂帝国的是梦魇级别的恐惧，毒素刚释放不久，就已经杀掉了数万人，天斗帝国强者加起来击杀的魂师都不如独孤博的十分之一。