故事重心从前作的蜀山转移到了同为名山的昆仑，十九年前，琼华派利用望舒和羲和双剑网缚妖界，从中夺取灵力，引发人妖大战，双方伤亡惨重。琼华派弟子云天青和夙玉因对琼华派修仙理念产生分歧，离开琼华，来到青鸾峰。二人在山上成亲并生下一子云天河。没多久，夙玉去世。年幼的云天河并不清楚父母的往事，而父亲云天青也因病去世，只留他一人在山上长大。

一次偶然的情况下，云天河邂逅闯入父母墓室的少女韩菱纱，一同下山寻找父母的过去。半途又与另一女孩柳梦璃相识。云天河为了了解父亲的过去、寻找自己的身世，遂与韩菱纱、柳梦璃一同拜入昆仑琼华派成为门下弟子。琼华派让年纪相仿的慕容紫英教授他们，四人成为伙伴。

云天河等人在密室中，遇到了被冰封的玄霄，得知他是父母的师兄。云天河与其一见如故，答应帮他寻找三件寒器。三寒器让云天河等人进一步地接触修仙的概念。虽然三寒器解除了玄霄的困境，但玄霄和琼华派掌门夙瑶却再度与幻瞑界牵扯过往恩怨，并且心魔深种，一定要成仙。

云天河知道了父母的往事，以及琼华派修仙背后的故事。而柳梦璃因为是幻瞑界的少主，是妖，要与幻瞑界同生死。云天河等人找玄霄和夙瑶，让他们放手。玄霄取得足够的灵力后，放幻瞑界一马；但也告诉了云天河，韩菱纱是望舒剑的第二代宿主。云天河震惊非常，决定要阻止琼华派飞升修仙的做法。幻瞑界转危为安后，柳梦璃也跟着幻瞑界离开，留下云天河、韩菱纱和慕容紫英在人界。

云天河抱着“我命由我不由天”的初心，在好友韩菱纱与慕容紫英的帮助下，阻止了琼华派飞升，也利用自己的力量保全人界不受灾劫。

在不少仙迷的眼中，这部作品的分量不在开天辟地的仙一之下，甚至认为这部作品是仙剑系列之中最好的一部（比如说我）。

这一部作品之中不仅仅是刻画了主角一行和反派的人物形象，包括许多支线或是主线一个篇章之中的配角人物，诸如寿阳的捕头裴剑，这个角色身上，有着认真，固执，严谨的一面（被我们的韩菱纱评价为像块石头一样，又臭又硬），而裴剑和柳世封（柳波波）之间更有着如同儿子同父亲一样的感情，对柳梦璃更有着一份若即若离的爱慕之情，却从不敢透露半句。

陈州的景阳（仙剑3第一男主景天的先祖），一个原本调皮任性的小孩，为了能够筹钱医治遭到谗言陷害而一病不起的父亲，顶着风吹雨打在陈州街头变卖自己幼稚的画作诗作，其孝心令人动容。

还有同样是陈州的富家小姐欧阳明珠，一个美丽温柔的女子，在得知自己被心爱的丈夫瞒骗了九年之后，她一去不回头的决绝，最终香消玉殒，让人在顿生敬意之余，也真是倍感惆怅。

须臾幻境之中的搞笑老头酒仙翁，欺软怕硬的财神爷，怀朔和璇玑那段还没有开花，就已经夭折的朦胧感情，太多太多，这些人物和情节就好像是埋在了那些玩家的心中，当然，这不作品也是十分悲情的作品，结局只有一个，让人遗憾。

作为仙迷，李昂也曾经数度为之神伤，如今能够来到此间，自然是要逆转乾坤，不让悲剧重临！