2005年12月南京云锦研究所的“吉祥”牌南京云锦被质监总局作为首批向国际地理标志（GI）组织推荐的30个地理标志产品之一，成为中国首批获国际权威组织承认的国际地理标志产品。
南京云锦研究所全部保留着历史上的妆花技术，曾成功地复制了明定陵出土的万历皇帝过肩龙妆花纱织成袍料。自1979年以来，该所复制龙袍及匹料已达100多件。
2006年1月，云锦研究所再次受北京定陵博物馆委托，对一件明万历皇帝龙袍进行复制。
2006年5月20日，南京云锦木机妆花手工织造技艺经国务院批准列入第一批国家级非物质文化遗产名录。国家级非物质文化遗产项目南京云锦木机妆花手工织造技艺代表性传承人有南京云锦研究所有限公司的朱枫、周双喜，以及江苏汉唐织锦科技的金文。省级传承人有师从云锦老艺人朱枫的邬悉尔。
2009年，根据《地理标志产品保护规定》南京云锦研究所被国家质检总局核批为首批地理标志使用企业，“南京云锦”获得地理标志产品保护。
2013年，南京市唯一获得云锦地理标志保护的云锦研究所“吉祥牌”云锦启用专用标志。
2013年《地理标志产品云锦》国家标准召开复审论证会，南京云锦研究所有限公司等4家标准起草单位出席，对《地理标志产品云锦》国家标准实施5年来的情况进行了总结和评价。
云锦的“锦”字，是“金”字和“帛”字的组合，《释名·采帛》：“锦，金也。作之用功重，其价如金。故惟尊者得服。”这是说，锦是豪华贵重的丝帛，在古代只有达官贵人才能穿得起。
明赵震元《为李公师祭袁石寓（袁可立子）宪副》：“大人每称之曰：‘计部叹巧妇之炊，冏寺羡空群之顾，首山无庚癸之诺，埛野多云锦之胯。’”
“江南好，机杼夺天工，孔雀妆花云锦烂，冰蚕吐凤雾绡空，新样小团龙。”是清朝诗人吴梅村赞美云锦的诗句（诗中的“云锦”不是指一块布，它不作名词）。
明代时并没有南京云锦这个词，当时进入皇家的缎子称库锦、库缎和妆花。云锦一词，来源于清代道光年间南京的“云锦织所”，晚清以来始有商品生产，行业中产生“云锦”的名称，最早的文字记载出自于民国南京的《工商半月刊》。
由于其用料考究，织工精细，图案色彩典雅富丽，宛如天上彩云般的瑰丽，凤其富丽华贵，绚烂如云霞，故称“云锦”，因只有南京生产，故而称之为“南京云锦”。
南京云锦工艺独特，织造云锦的操作难度和技术要求都很高，织制云锦需由拽花工和织手两人相互配合，用老式的提花木机织造，必须由提花工和织造工两人配合完成，拽花工坐在织机上层，负责提升经线；织手坐在机下，负责织纬、妆金敷彩，两个人一天只能生产5-6厘米，这种工艺至今仍无法用机器替代，故而有“寸金寸锦”之说。
如果要织一幅78厘米宽的锦缎，在它的织面上就有根丝线，所有花朵图案的组成就要在这根线上穿梭，从确立丝线的经纬线到最后织造，整个过程如同给计算机编程一样复杂而艰苦。
丝织物品总是要通过对材料的加工来实现的，因此材料是丝织工艺成型的媒介，没有材料就没有其艺术的特点和风格。材料是一种独特的艺术语言，是丝织工艺的第一要素，是云锦产生的前提。不同材质和工艺技法的运用，体现出的美感和效果是不同的，中国丝织工艺的材料运用，以其丰富的种类，不同的肌理特征和多样的结构形态，构成了千姿万态的视觉形象，使人感受到材料中传达出的久远的艺术内涵和文化底蕴，传承了浓重的民族色彩和情感。
云锦是用金线、银线、铜线及蚕丝、绢丝，各种鸟兽羽毛等用来织造的，使得丝织物的效果更加华丽、独特、美轮美奂，比如皇家云锦绣品上的绿色是用孔雀羽毛织就的，每个云锦的纹样都有其特定的含义。
金银在织物中大量运用是云锦的一大特色，金银使得云锦更显得富丽堂皇。尤其是“三色金”的使用，使得云锦的色彩更富于变化。
真丝则是云锦最主要也是最基本的用材，它良好的吸色性在各种纺织材料中名列前茅，是云锦色彩表现的重要保证。
云锦中用到的特殊材料，即鸟兽的羽毛。如孔雀羽也会被织进云锦。因为孔雀羽毛的色彩斑斓，在光线的照射下，用孔雀羽织出的云锦会折射出变化多端的色彩，异常华丽。
云锦生产工艺过程及其繁杂，工序极多，每道工序的工艺都有很多谜一样的诀窍。其工序概况起来，主要有五大部分，即纹样设计、挑花结本、原料准备、造机和织造。
第一道工序是进行纹样设计，创作云锦纹样图案，当设计人员将纹样、组织、规格等设计好之后，就要根据小样填绘意匠图。意匠纸是特制的，上面有纵横小格，它的纵横小格是代表经纬线的，小格的纵横比例是代表经纬密度的。
第二道工序是挑花结本，即通经断纬，用丝线俗称“脚子丝”作经线，用棉线俗称“耳子线”做纬线，对照绘本制好的意匠图，经线对应意匠图上的纵格，纬线对应意匠图上的横格，挑制成花纹样板。
上机织造时，使每根脚子线与织锦上的每一根经丝一一通过织机大纤相联接，织造时，通过耳子线提起应该起花的部分，织入彩纬或会、银线，美丽的云锦就指织出来了。挑花结本是云锦生产工艺中的重要环节，是纹样由图纸过渡到织物上的桥梁。
第三道工序是做好原材料准备，主要原料是蚕丝，还有金线、银线、孔雀羽线。蚕丝需经过拼股、染色、锤炼、上油、绷光等数十道工序，按照不同品种的要求加工成一定规格、颜色的经、纬原料，供上机织造。
云锦属于熟织提花丝织物，即织成后不需染色、印花。生产所用的主要原料—蚕丝织前均需经过炼制染色，按照不同品种的要求加工成一定规格、颜色的经纬原料，供上机织造。
第四道工序是造机，造机就是根据所织云锦的品种、规格，把织造云锦所需的经丝，按地部组织、纹部组织的不同要求分辨安装到位，使其符合织造的需要。
第五道工序是织造，具不同类型的云锦又有不同的织造方式。