这二人走到，陕西省彬县，向唐高祖李渊紧急告发，指控太子李建成命令杨文干起事，内外呼应。就在此时，一位宁州人杜凤举也向大唐中央政府紧急告发，到达皇宫后当面指控。

李渊大为愤怒，假装为了别的事情，亲自写诏书，召见李建成，命令他前来行宫，李建成很是恐惧，不敢前往。

太子宫太子舍人徐师谟怂恿太子李建成占据都城长安，背叛老爸。太子宫詹事主簿赵弘智建议太子李建单人匹马，衣帽简单，不带卫士晋见老爸请求恕罪。李建成采纳了赵弘智的建议，于是前往仁智宫。

太子李建成在距离仁智宫60华里的地方，把他的下属官员全部都留在了毛鸿宾堡，而只率领十几个骑兵卫士，晋见了老爸，跪在地上磕头，请求宽恕，用力过猛，几乎气绝身亡。

李渊仍然怒不可遏，当天夜晚，把他软禁在帐幕之中，只供应粗茶淡饭给太子李建成充饥解渴，命令殿中监陈福严密防守，派出司农卿宇文颖急急忙忙的赶往庆州召唤杨文干。

宇文颖抵达了庆州，把情况告诉了杨文干，杨文干于是起兵叛变。唐王李渊派出左武卫将军钱九陇，西会灵，灵州都督杨师道联合讨伐。

6月26日，李渊朝见秦王李世民，讨论杨文干起兵叛变之事。秦王李世民说道，杨文干不过是一个跳梁小丑，竟然反抗大唐王朝，我认为他会被他的部下将军诛杀的，即令不会被杀掉，只要派一个大将，率领大军前去打击就足够了。

李渊说道，不然，杨文干侍奉李建成，关系密切，恐怕会有很多人响应。你应该亲自去一趟，回来后，封你当太子。我不能效法隋文帝杨坚，亲手害死自己的亲生儿子，我会改变封李建成当蜀王，巴蜀所管辖的军队实力比较脆弱，以后如果李建成能够接受你的领导，你应该保全他的性命，如果不能够接受你的领导，你制伏他易如翻掌。

李渊因为仁智宫位于万山丛中，恐怕叛乱的军队发动突然袭击，不敢在那里安然的睡下，在夜晚率领宫廷侍卫队从南方下山，前进了几十华里，和太子宫的官员卫队士兵相遇，李渊命令他们30个人作为一队，派自己的亲兵把他们分别包围。第2天，6月27日，李渊再次回到了仁智宫。

李世民率领大军出征后，李元吉跟随着李渊的妃嫔妻妾，轮流不断地在李渊面前为李建成辩护解释。而在大唐朝的政府中，侍中封德彝也在宫廷外面积极的营救，李渊的立场于是做了180度的改变，命令李建成再次回到京城长安留守。不再追究他谋反的罪行，而只责备他们兄弟不能和睦，把罪过归结于，太子中允王珪、太子宫左卫率韦挺、天策上将府兵曹参军杜淹，一同流放到雟州。

最初，大唐王朝攻克东都洛阳，杜淹长期没有被提升，打算辞掉职务投奔李建成。房玄龄因为杜淹狡猾诡诈，恐怕影响到李建成，将来会对李世民更为不利，于是报告李世民，介绍他到天策上将军府。