我检查了士兵们储存的衣服，今年冬天，勉强可以支持，明年（665年）秋天以后，便完全没有什么可以穿。陛下把他们留在海外，打算扫荡高句丽以及百济残余的反抗势力，高句丽一向跟百济联盟结党，互相援助，倭国距离虽然很遥远，但仍两地呼应，我们如果不留下军队镇压防守，百济很快就会恢复国家。现如今，既然已经决定驻扎防守，并且，更要开展武装开荒屯田，依靠的是全军的士兵，同心合力；而士兵们的心声，却是如此，怎么可能成功。除非是彻底改革，优厚地加以慰劳，该赏赐的一定要赏赐，应该惩罚的一定要惩罚，用以提高士兵的志气；如果仍然维持今天以前的做法，恐怕体力疲惫，士气瓦解，没有办法为朝廷效力。听起来刺耳的话，恐怕还没有人向陛下报告。我把肝胆呈献在陛下之前，冒着被诛杀的危险，向陛下说明。

唐高宗李治完全同意，派出右威卫将军刘仁愿，率领大军横渡黄海，接替百济地区驻屯军队的防务，下令刘仁轨跟他的部队，一同返回国家。

刘仁轨告诉刘仁愿说道：朝廷派出部队，跨过大海向东征讨，打算消灭高句丽王国，这是一件不容易的事儿，现如今，秋季的庄稼还没有收割完毕，士兵们却全部撤走，将军也跟着回去，蛮族刚刚被征服，人心不安，必定发生变化。不如仍然留下原来的驻屯军队，慢慢的教他们收割，一方面准备资金粮秣，分成若干个梯次撤退，军官以及将领更要留下来镇守安抚军心，不可以回去。

刘仁愿说道：我上次回到朝廷，诬告陷害的谗言，像倾盆大雨一样，主要的就是攻击我留下了太多的部队，阴谋盘踞在海东（指朝鲜半岛），几乎难逃大祸。今天我只知道执行命令，怎么敢自作主张！”

刘仁轨说道：当一个重要的大臣，只要对国家有利，既然知道正确方向，就应该全力以赴，怎么能够有私心！”上疏陈述厉害，自己请求留下来驻屯海东（朝鲜半岛），唐高宗李治批准。

于是任命扶余隆当熊津都尉，命令他集结百济残存的部众。

665年7月，唐高宗李治下达诏书命令：熊津都尉扶余隆，和新罗王国的国王金法敏，化解从前的仇恨恩怨。8月13日，二人在熊津城盟誓。

摄理熊津大都督刘仁轨，送新罗王国、故百济王国、耽罗王国、倭国等国家使节，一同渡过黄海向西返回了大唐王朝，参与了唐高宗李治的泰山封禅大典。高句丽王国也派出了太子高福男前来大唐王朝，侍奉唐高宗李治主持泰山封禅大典。