武则天临朝称制，自专朝政。九月，武则天改元光宅（即“建都”之意），改东都为神都，表示以洛阳为首都；同时，改易旗帜、官服、职省等颜色、名称，赐宫城名为太初宫（“太初”表示新的起点，标志着武则天时代的开始）同月，徐敬业、徐敬猷兄弟联合唐之奇、杜求仁等以扶支持庐陵王为号召，在扬州举兵反武，十多天内就聚合了十万部众。武则天当即以左玉钤大将军李孝逸为扬州道大总管，率兵三十万前往征讨。十一月，徐敬业兵败自杀。

垂拱二年（686年）三月，武则天下令制造铜匦（铜制的小箱子），置于洛阳宫城（紫微城）之前，随时接纳臣下表疏。同时，又大开告密之门，规定任何人均可告密。凡属告密之人，国家都要供给驿站车马和饮食。即使是农夫樵人，武则天都亲自接见。所告之事，如果符合旨意，就可破格升官。

如所告并非事实，亦不会问罪。同时，武则天又先后任用索元礼、周兴、来俊臣、侯思止等一大批酷吏，掌管制狱，如果被告者一旦被投入此狱，酷吏们则使用各种酷刑审讯，能活着出狱的百无一二。

这样，随着告密之风的日益兴起，被酷吏严刑拷打致死的人日渐增多。于是在朝廷内外便形成了十分恐怖的政治气氛，以致大臣们每次上朝之前，都要和家人诀别，整天都惶惶不可终日。

为奖励告密，武则天对告密者破例授官。是年，武则天下诏杀南安王李颖等宗室十二人，又鞭杀故太子李贤的两个儿子，唐朝的宗室被杀戮殆尽，其中幼弱幸存的人也被流放至岭南。

武则天下令建造的明堂与天堂

武则天谋夺李唐的社稷，翦除唐朝宗室，引起了诸王的不安，他们想要起兵对抗。还未有共识的时候，博州刺史、琅邪王李冲，在垂拱四年（688年）八月于博州（今山东聊城东北）举兵；豫州刺史、越王李贞起兵豫州（今河南汝南），以呼应李冲。

武则天分遣丘神积、魏崇裕讨伐。李冲起兵七日即败死。九月，李贞兵败自杀。武则天想尽除李氏诸王，使周兴等展开审讯，逼迫韩王李元嘉、鲁王李灵夔、黄国公李撰、东莞郡公李融、常乐公主等自杀，他们的亲信也被杀死。

同年，武则天命面首薛怀义率人建造的明堂落成。明堂既成，又命薛怀义铸大像，大像的小指也可以容纳数十人，于明堂北起五层高的天堂来收纳大像。建宫的花费达到以万亿计，政府财政为之枯竭。

武则天的侄子武承嗣命人凿白石为文曰：“圣母临人，永昌帝业。”号称在洛水中发现，献给武则天，武则天大喜，命其石曰“宝图”。之后武则天加尊号为“圣母神皇”。