新来的指挥官拥有更多的兵力，在进攻研究基地之余，他有足够的兵力牵制智控军团。智控军团不得不将大部队留着对付这位指挥官，放缓进攻研究基地的攻势。这导致研究基地有足够时间保存所有资料并逃脱，在他们逃走前，整个研究基地自毁了。

机械教命令智控军团派出一个师的兵力顺着传送痕迹进行追击，剩余部队全力进攻那个来搅局的指挥官，势必要拿下他手里的指挥机器人。追击部队在路上找到了一个被他们占据但没有守卫的服务器，几个技术神甫留下来破译服务器里的数据，其余部队继续追击。

他们追到另一个研究基地，这个研究基地也同样被围攻着，不过这次围攻的却是和他们风格完全不同的部队，数量同样不容小觑。智控军团在这里的兵力只够暂时拖住敌人，完全没有余裕去抢夺研究基地，这样下去他们可能又会带着数据逃走。机械教在那个星球增派了几艘战舰，上面搭载着很多泰坦，在智控军团阻挡敌人时，泰坦会全力进攻研究基地，强行带走里面的数据。

此时智控军团主力部队报告遭遇了新的敌人，其描述与这边遭遇的新敌人一致。目前主力部队已经靠强大的天基火力压制住了敌人，第一台指挥官机器人已顺利夺取，依诺杀死了一位指挥官。另一位指挥官仍在抵抗，不过等技术神甫搞明白指挥官机器人的运作模式，他们就可以用那些失控的部队攻击他了，局势将进一步向机械教倾倒。

由于一位指挥官倒下，智控军团得以抽调更多的兵力支援另一个战场。泰坦攻破了研究基地的防线，技术神甫带着一部分教徒突入研究设施，开始下载资料。敌方指挥官机器人被泰坦击毁时发生了剧烈的核爆炸，毫无防备的泰坦遭受了不小的损失。这个情报迅速通过网络传到其他智控军团那边，他们会在进攻另一位指挥官时小心一点。

或许是觉得自己处于严重的劣势，进攻两个研究基地的敌人同时撤退了，机械教得以在这个空档专心破译文件。文件显示，进攻研究基地两个指挥官分别来自“塞布兰”和“万古启示”，而他们夺取到的指挥机器人是塞布兰产物，研究基地也同样属于塞布兰。而位于希瓦主机旁边的研究基地是塞布兰领袖古斯塔夫博士的基地，被指挥官机器人殉爆炸死的那位是古斯塔夫的继承人。还有一个统一地球联邦没出现在战场上，但可以估计的是这个势力的势力绝不会比另外两个弱。这三个势力为了防卫另一个外星人势力的入侵组成了防御同盟，虽然联盟摇摇欲坠，但不难推断另一个势力的猛攻会让他们的联盟重新稳固。

机械教现在有两个选择，一个是把抢到的东西打包带走，二是继续侵略，他们会收获更多的科技，但同时要面对至少和两个势力死磕的局面。机械教结合现有情报估算了一下，在不使用神力的情况下，想要把三个势力全部征服，需要消耗机械教大半的兵力。毫无疑问，帝国会在这时候落井下石，到时候机械教的情况就会雪上加霜。

因此机械教决定撤退，情报显示这三个势力都没有跨越虚空的能力，而他们手头拿到的科技已经足够他们发展一阵了。等到他们能迈出虚空，机械教再去歼灭他们不迟。他们带走了能带走的东西，带不走的上传数据就地销毁。技术神甫们找到了希瓦主机的引擎启动方式，希瓦主机顺利升空并跟随舰队撤离。