覃氏被赶出石柱使得杨应龙在重庆府失去一大土司势力支持，形势对杨应龙来说更加严峻。杨应龙率五万播州军退守大江南岸沿线加防御明军进攻。

杨应龙招集苗疆九股未开化部落，给予杀戮五司及贵州各府县卫所土地，赏以抢掠各省妇女，笼络为其作战。杨应龙设立三十六统制，三十六巡警，十三亲管，各有头目，各有兵众。每一人名下多者二三千，少者一二千。兵力不下十四五万，迎战明廷三十万大军进攻。

杨应龙强征贵州各府县卫所十八万役夫工匠在其祖先不断修缮的龙岩屯（或称龙崖屯）基础上扩建城堡、宫室，修筑前后十二道关隘，在五平方公里范围内的山顶上围筑坚壁巨垒，以做退路。

大明朝廷不断调集各省大军赶来湖广、四川前线平叛，总兵朱文达、副总兵刘綎、马孔英、吴广、参将曹希彬、杨文等率六万水陆大军入川。总兵官童元镇、李应祥、李如松、董一奎、副总兵李如梅、参将陈良玭、吴惟忠、万邦孚等率十五万大军从湖广、广西大举进攻占据湖广辰州府及贵州各府县卫所的播州军及其土司仆从军。

湖广辰州府成为明军与播州军的主战场，杨应龙接连向湖广辰州府增兵三万，企图阻止明军攻入贵州境内，杨兆龙、杨光隣、尚守忠等播州将领在西班牙兵协助下依托险要山川关隘及百余门舰载加农炮、加农炮、大将军炮抵御湖广明军进攻。

大明朝廷鹰派阁臣张位亲自挂帅赐尚方剑出征，率两万京营人马抵达长沙府主持平叛，张位不断派旗牌官催促前线明军将士尽快攻破辰州府播州军防线，攻入贵州，向朝廷报捷，以慰圣心。

前线明军将领面对鹰派阁臣张位持尚方剑督战，纷纷开始玩命带兵强攻，奈何播州军在西班牙兵及先进火炮协助下据守险要山川关隘拼死抵抗，强攻的明军将士也推着从西洋商行花重金购卖来的十几门舰载加农炮发起仰攻炮击攻打关隘，但明显吃亏死伤不轻。

大明朝廷派鸿胪寺主薄赵士祯、工部营缮司郎中贺盛瑞接连与西洋商行接洽购买先进火炮，两人奉命随西洋商行武装船队渡海前往中都台海城购炮，试炮满意后由西洋商行武装船队装船运往大明前线，赵士祯、贺盛瑞所乘海船却离奇沉了。

张位派出使者绕道常德府赶赴永顺、保靖州，命永顺宣慰使彭元锦、保靖宣慰使彭养正率永保土司兵袭击播州军后背，与大明官兵前后夹攻播州叛军。

原本被迫臣服于播州杨应龙的湖广土司永顺宣慰司宣慰使彭元锦，保靖宣慰司宣慰使彭养正接到大明朝廷命令后率永保土司兵一万余人袭击据守辰州府的播州军后路。

张位亲率两万京营大军携带西洋商行武装船队运抵长沙府的百余门舰载加农炮、大将军炮赶往辰州府前线督战进攻，明军将士在炮火猛轰掩护下纷纷奋勇进攻，腹背受敌的杨兆龙慌忙率播州军水师沿江撤退。

播州提督尚守忠、播州督军总管杨光隣忙同杨兆龙率五万播州军及撒施洛、西加斯的加率领的西班牙兵退守辰州府西部及贵州东部一带，忙向杨应龙请求增援。