张位、牛秉忠率五万余残兵败将退守大江北岸防守，随即接到坐镇成都的四川巡抚谭希思派人赶来求援，言：一支不下三万人马的汉军正从汉中府攻入保宁府，沿嘉陵江顺流而下攻陷保宁府城阆中，绕过剑门关直奔成都府杀来，四川巡抚谭希思、蜀王朱宣圻请求平播总理张位、川贵总督邢玠派兵救援成都。

张位忙下令川贵总督邢玠退守重庆府城一带防御，命副总兵刘綎、吴广率三万余收拢的明军驻守泸州、叙州府，张位、牛秉忠率三万精锐边军忙赶往成都府增援。

川贵总督邢玠与四川总兵刘承嗣率五万明军及土司兵赶到重庆府东部涪州（涪陵）、酆都沿江一带防御，陆启航刚攻占忠州，收编投降归顺的明军及招募的青壮民兵一万余人，兵力达到四万，在夔州府留下五千大军驻守。

石柱宣抚使马千乘奉命率五千石柱土司兵赶回石柱防御汉军进攻，但令邢玠万万没想到是马千乘刚率五千石柱土司兵回到石柱就宣布主动归顺大汉。

马土司一家接连被大明朝廷治罪，险些丢掉铁饭碗，马千乘叔叔前忠州同知马斗良被流放琼州府，琼州府却被林江发兵攻下，马斗良主动投靠汉军，被军谍司派回四川石柱劝说侄儿马千乘主动归顺大汉。

要说马千乘没有不满明朝绝对是假话，马千乘也深知大明覆亡在即，加上一家老小没少遭罪受，父亲马斗斛还在辽东充军效力，辽东已经被大汉与后金努尔哈赤瓜分了，母亲覃氏和弟弟马千驷也都死在了播州龙岩囤。

马千乘毅然决定主动归顺大汉，随即出兵配合陆启航夹击驻守酆都的四川总兵刘承嗣，刘承嗣率两万明军驻守酆都猝不及防，遭到两路汉军及石柱兵夹攻，伤亡不轻，慌忙率着一万余残兵败将逃到涪州。

邢玠接到张位撤兵退守重庆府城一带防御军令，忙率四万余大军向重庆府城撤退，随即遭到陈武统率的三万汉军突袭进攻。陆启航率四万大军趁势攻取酆都、涪州后，率三万大军与陈武前后夹攻，大破邢玠、刘承嗣大军，俘获近两万明军，邢玠、刘承嗣率一万余残兵败将败逃回重庆府城巴县。

陆启航派出一万水陆大军沿乌江攻下武隆、彭水、沿河各县，酉阳宣抚使冉御龙已归顺大汉，率六千大军配合汉军作战，攻取黔江，杀入施州卫，降服施州卫一众小土司。

林江率十二万大军横扫四川大江以南各州县，亲率六万大军攻打重庆府城巴县。邢玠、刘承嗣、重庆知府王士琦率两万余明军、城中百姓守城。

陆启航指挥海军战船编队从大江、涪江（嘉陵江）上发炮猛轰重庆府城朝天门、洪崖门、金汤门、太平门，陶翔率飞天营主力协助攻城大军轰炸城东朝天门、东水门、千厮门一带，炸得守城明军将士死伤惨重。

明军将士面对汉军多兵种配合作战根本难以抵挡，纷纷溃败下城去，邢玠、刘承嗣忙率数千残兵败将开城西通远门出逃，经佛图关逃往璧山县，重庆知府王士琦率数千残兵败将退守重庆知府衙门，被飞天营空降知府衙门活捉。

林江率汉军大举进攻重庆府西部各县，陆启航率海军战船编队兵分两路作战，一路沿嘉陵江北上攻打顺庆府，另一路沿大江继续西进，协助李毅、胡彪攻打泸州、叙州府。

三边总督李汶率三万余明军渡过黄河坐镇凉州，命甘肃巡抚田乐、甘肃副总兵王鸣鹤统率两万明军赶赴西宁卫迎战来犯的青海蒙古右翼永谢布部领主永邵卜台击五千余部众。

甘肃巡抚田乐派兵一万秘密行军，直捣青海永谢布部老巢，歼灭永谢布部部众，俘获不下一万余老弱妇女及大批战马牛羊而还。甘肃副总兵王鸣鹤也奉命带兵一万出塞百里迎击来犯的阿赤兔和海部之敌，大获全胜，斩首近千。