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掉进地下洞窟的火箭队只是想挖化石而已，没想到这次遇到了危机，大喊大叫的该怎么回到原来的地方。小智怒气冲冲的大骂道“该死的，现在应该想办法出去才对，冷静下来！”
“皮卡，皮卡丘！”皮卡丘看见不远处有红色的眼光，大声提醒小智。小智转头一看，意识到事态的严重性。小次郎和武藏害怕的抱在一起，喵喵则更是胆小的躲在小智的后面。首先出来的是多刺菊石兽和镰刀盔，“怎么会有这些神奇宝贝？不是在几万年前就绝种了么？”
“别管那么多了！看他们眼睛红红的样子，肯定是睡觉被我们吵醒了，很生气的。”小次郎小声提醒小智快点解决，不然不知道待会还会发生什么事情。
小智也不管那么多细节了，直接放出了杰尼龟“皮卡丘，对多刺菊石兽使用十万伏特，杰尼龟对镰刀盔使用水枪。”从睡眠中刚刚苏醒，还没有完全适应身体，就遭到了对面的攻击，再一次晕了过去。小智直接扔出神奇宝贝球收复了他们，然后被传送到大木研究所。没过几秒钟，小智等人再次看见红红的眼睛，这一次是数十双眼睛盯着他们，小智意识到不妙，带着杰尼龟和皮卡丘跑了。害怕的火箭队也跟着小智跑了起来。被追的气喘吁吁地小智这时候也不知道该怎么解决了。这么多的神奇宝贝自己根本不是对手，逃下去迟早也会累死。“神呐，谁来救救我啊！”
“傲！”一声嚎叫声传出，威慑住了诸多出来的化石神奇宝贝。自己睡的正香，却被活生生的吵醒，自己可是这儿的霸主，谁能不怒？所有的化石神奇宝贝全部躲了起来，从一个角落里飞出来一只化石翼龙，飞向小智。盯住小智的眼睛，好想再问为什么要吵醒他。被化石翼龙盯住的小智心虚的不敢看着对方，转头吹着口哨为自己壮胆。化石翼龙看着对方不理睬自己，直接抓住小智的衣角冲出地下洞窟，展翅天空。瑟雷娜看到小智被一只巨大的神奇宝贝抓出，先是大喜，以为是神奇宝贝救它出来了，可是后来陌生的神奇宝贝抓住小智不放，才意识到小智还是处在危险之中。
“小智，危险！”瑟雷娜满脸焦急的看着小智，这时候帮不上忙的自己恨透了自己，要是能够帮得上的忙的话小智就不会这样了，或者自己刚才搬石头的时候能够快点的话就不会这样了。
话转这边，小智在慌乱之中，不小心打掉了火恐龙的宝贝球，导致宝贝球摔落，放出了火恐龙。火恐龙看见小智被化石翼龙抓在半空中。非常的愤怒。“傲！”火恐龙大声提醒化石翼龙放下小智，否则自己就对他不客气。化石翼龙则是对火恐龙无视，一只不会飞的废精灵而已，怕你干啥，你的任何绝招都对我无用。一向好强的火火恐龙被化石翼龙彻底激怒了，逼迫自己开始进化成了喷火龙。
喷火龙可是火系兼飞行系的精灵，这下喷火龙立即飞向高空对战化石翼龙，化石翼龙依旧无视喷火龙，自己早在几十万年前就已经称霸天空，怕你不成？化石翼龙直接使用钢翼对战喷火龙，喷火龙看见也直接用钢翼对战，两者对冲，化石翼龙因为刚刚苏醒，并没有完全适应身体，这一下实力相当，互不相让。化石翼龙也不含糊，再次使用钢翼冲向喷火龙。喷火龙知道再次使用相同的战术可能得到的结果是一样的。喷火龙直接闪避开化石翼龙的攻击飞向高空，足够高度后聚集力量使用铁尾攻击化石翼龙。这个招数是皮卡丘飞电系绝招的得意招数，早在小火龙的时候就已经学会，看来这次是检验成果的时候了。化石翼龙看见喷火龙飞向高空，以为对手想要逃跑，就并没有在意，这一次身为天空霸主遭到了有生以来的第一次失败，铁尾的攻击，钢系攻击岩石系效果可是极佳的，这一回由于自己的疏忽收到了致命的打击。物理的松开小智，喷火龙快速的接住小智让小智躲开了坠落的危险，在下面看见这一幕的瑟雷娜终于放下了心，终于安全了。安全的小智看见化石翼龙坠到地上，把手里的神奇宝贝球扔了出去，就这样收服了千万年前的天空王者---化石翼龙。
故事终于大结局了，所有的人终于安全，小茂也过来找到小智“小智，你的精灵被你培养的不粗破，等到下次遇到你的时候我会挑战你，当然是6V6，我希望你不会拒绝我。”说完小茂离开了大傻谷。旅行了这么久，小茂一直都是用汽车旅行的，并没有仔细训练过神奇宝贝。当见到小智的神奇宝贝这么努力的时候，他觉得，小智已经拥有超过了自己的实力。现在是自己该努力的时候了。不能够再用汽车旅行了。“亲爱的女朋友们，下面是我独自旅行的时候了，拜拜了大家，不用送了。”
小智看见现在的小茂莫名其妙，不过他表示无所谓，在他面前，小茂奇怪的事情多了。瑟雷娜看见小智安全的落地终于松下口气。紧紧地抱住了小智，小智倒是呵呵笑了“至于么。又不是生离死别。”瑟雷娜抹掉眼睛，破涕为笑，把最漂亮的微笑露在小智的面前。
“咦，这是？蛋？”小智看见一颗并未孵化的蛋，好奇的捡了起来。“这恐怕是还有好久才孵化吧。瑟雷娜，送给你吧。”小智顺手就把蛋送给了瑟雷娜。瑟雷娜不好意思的看着小智“这，是你捡到的。”
“没事，反正我今天得到很多好东西了，不在意这一个。”小智坚持送给瑟雷娜，瑟雷娜也很开心的结下了。这可是小智有史以来送给自己的第一件礼物。而在一边的小霞则是吃了很大的醋“为什么不送给我，哼！”小霞生气的自言自语，并没有让小智听见。
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经过一天的闹剧，大伙终于散开了，各自回到各自应该回到改回的地方。而倒霉的火箭队被遗弃班的终于爬到了外面。