这件刺杀案之所以震动朝野，除了遇刺人马新贻地位显赫（马新贻官居两江总督兼管通商事务及两淮盐务，统管江苏、江西、安徽三省富庶之地的军政大权，是大乾帝国最重要的封疆大吏之一），就是一介走卒竟能直入总督校场刺死朝廷重臣，难怪当时敬亲王接到奏报后吃惊地表示：“马新贻此事岂不甚奇？”此外就是此案审理过程错综复杂，经历了一年多的审讯，在魁玉毫无结果的初审之后，接连动用漕运总督张之万会同江宁将军魁玉，刑部尚书郑敦谨和新任两江总督曾伯函，进行了前后两番兴师动众的会审，结果却以“漏网发逆，复通浙江南田海盗等匪”之名草草结案。刺客虽被凌迟挖心处死，但案情并未水落石出，就连参加会审的马新贻部下孙衣言、袁保庆最后也拒绝在会审文书上签字画押。足见此案波诡云谲。
马新贻是山东菏泽人。韶光二十七年进士，历任建平、合肥等县知县、安庆府知府、庐州府知府、安徽按察使、安徽布政使、浙江巡抚、闽浙总督、两江总督兼通商事务大臣。显彤之际，长毛教匪乱起。马新贻初与教匪军的作战，屡有战功，逐年升迁，颇有军事才能。而他在浙苏两省的政绩则更为突出，如在浙江巡抚任上，他主持完成了浙江的减漕运动，核定地丁漕粮，编订《浙江减定浮收章程》，大大减轻了饱受战乱之苦的浙江农民的负担，稳定了当时的社会秩序。在两江总督任上，马新贻着手整顿盐政，并且最终确立了两淮盐法规制。他还积极投身河工，认为江南河务以修筑运堤最为重要，经过多番努力，运河东西两堤于彤郅八年六月竣工。自此以后，运河航道畅通无阻，两岸人民深获其利。刺杀案发生后，许多官员对马新贻被刺都深表哀痛和惋惜，纷纷奏请朝廷，要求严究主使，尽速惩办，并为他奏请恤典和建立专祠，同时对他的为人和仕途经历予以高度评价。继任浙江巡抚杨昌浚评价说：“新贻在浙江巡抚任内，正值地方新复，加意抚绥，办理善后事宜，诸臻妥协，并将海塘工程督修完固，民赖以安”。朝廷对马新贻的评价谕曰：“马新贻持躬清慎，办事公勤，由进士卽用知县，历任繁劇。显凤年间，随营剿贼，疊克坚城，自简任两江总督，於地方一切事宜，办理均臻妥协”。马新贻勤政廉洁，遇事变通，深谋远虑，择贤任能，恪守儒家道德规范，善于学习外来先进的技术，积极推动洋务事业的发展，堪称彤郅中兴名臣。
但这样一个大臣，在遇刺身亡后，不但没有个确切的说法，还给泼了一脑袋的脏水。
案发三天后，朝廷谕令江宁将军魁玉督同司道审理，又派漕运总督张之万会审。起初刺客只供姓名，不说缘由，直至“熬审”四个月后才有供词。供词大致说：刺客名张文祥，为河南河阳人。韶光二十九年贩卖毡帽至宁波，结识同乡罗法善，取其女为妻，开小店为生。显凤十一年，长毛教匪席卷江浙，乃参军入李世贤部，转战东南数省。彤郅三年，李部败走，张逃回宁波，而其妻已改嫁吴炳燮。张无以为生，由做过海盗的龙启云资助仍开小店。彤郅五年正月，浙江巡抚马新贻至宁波，张递状控告吴炳燮霸占其妻，马以其妻自愿改嫁不准其状。张告之龙启云，龙言自己做海盗时曾遭马剿杀，故怂恿张刺杀马。彤郅八年，马升任两江总督，张同至南京，寻机刺杀，直至混进校场而得手。
这份供词是官方认可的定论，有犯人亲笔签字画押。但仔细推敲，显然理由不能服众。由于官方的公告对马新贻遇刺的原因说得过于简单而且语焉不详，所以民间对此事众说纷纭。最普遍的一种是马新贻“渔色负友”之说。此说构织了一个被民间津津乐道的桃色绯闻，塑造了一个侠肝义胆，为友复仇的刺客张文祥的形象，流传甚广，一些文人墨客也持这一观点，有人在书中这样描述：“初新贻为河南某城令，文祥与彭姓者，同为某贼魁攻其城，获新贻，欲杀之，新贻乞哀免。因劝令投诚，二人即与新贻缔盟结义，相约终身。彭为长，新贻次之，文祥又次之。已而新贻以二人功，渐升至监司，二人亦为参遊。先是彭有妻年少而美，新贻诱至署，私之。彭怒而语文祥。文祥曰：‘此汝妻乎？亦他人物耳。彼既同心，争而不义，不如逐之，吾与子遊可耳，此间岂可留哉？’彭不能决，文祥屡促之去，亦不应。一日新贻薦彭诣某公。彭忻然行，文祥愀然曰：‘殆矣。’往与之诀，己亦他去。未旬日，彭果以诛死闻。文祥哭之恸曰：‘不杀马非丈夫也。’因日炼药刃一，后新贻历任封疆，文祥尝伺其所至，不得间。一日，新贻往某庙行香，文祥伏案下，发刃不中，幸得遁。如是者三四次，至是卒手刃之。”
但这种说法却是破绽更多。一是如果张文祥与马新贻有这等兄弟关系，则随时随地都有机会刺杀，何必非要在校场动手呢？再说马新贻的弟弟马新佑自幼跟在马新贻的身边，直到马新贻被刺身亡。马新贻的事情他最清楚不过，如果马新贻因为“渔色负友”遭刺，那么他也应该接受朝廷最后为他哥哥保全面子的结案，而为何却至死坚称疑案未明，抱恨终古呢？马新贻的夫人在马新贻遇刺身亡后即吞金自尽，如果马新贻是个好色之徒，他的夫人怎能如此呢？
而张文祥在刺杀成功后所说的那番话也引起了很多官员的怀疑，“刺客即为吾张文祥，一人做事一人当，吾并无同伙，不要胡乱抓人。吾大功告成，现在可以跟你们走。”从一开始案犯张文祥就在强调他行刺马新贻的原因与他人无关，并无主使之人。而他刺杀成功后胸有成竹和从容被俘的情形，其实不难看出若无重大隐情和重大指使者，他的态度绝不会如此。而且在江宁将军魁玉的初审以及魁玉同漕运总督张之万会审加上刑部尚书郑敦谨和新任两江总督曾伯函的第二次会审呈报结果的奏折中都出现了“供无另有主使各情”、“并无另有主使之人”等语，反复强调此案幕后并无主使之人。
但越是这样越难免让人怀疑。朝廷对此也持怀疑态度，仁曦太后当时即下谕曰：“马新贻以总督重任，突遇此变，案情重大，张文祥所供各情，恐尚有不实不尽，若遽照所拟卽正典刑，不足以成信谳。”另外，此案的审理过程也更加充分说明了这一点：马新贻被刺后，首先由江宁将军魁玉以及藩司梅启照等人审讯，几经周折，所奏不过是案犯“言辞闪烁”，“一味支离”等话。而朝廷则相信幕后定然另有主使，故而加派漕运总督张之万奔赴江宁审案。张之万抵达江宁后，刺马案的审讯工作依然没有太大的突破，只得出张文详曾与海盗勾结，马新贻在浙江力剿海盗故而招怨。这样的结果使得朝廷动怒，于是再派刑部尚书郑敦谨飞驰江宁速审，同时敦促曾伯函前往江宁主持大局。即便是在号称铁面无私的郑敦谨以及两江总督曾伯函长达月余的审讯下，所得结果亦不出前番官员的审讯，只不过量刑更为残酷，将案犯张文祥的凌迟处死，另加剖心致祭。自始至终，可以说朝廷一直力主刺马案另有主使，并且不断降旨以推动审讯工作，前后轮番参加审讯的官员多达五十余人。但直到最终，各路官员也没有审讯出朝廷所谓的幕后主使。
而主审官曾伯函再次就任两江总督后的态度也颇令人难解。两江总督马新贻遇刺身亡，朝廷闻讯即刻调派直隶总督曾伯函回任两江。但是，他却上了一道“谢调任江督恩因病请开缺折”，固辞两江总督。朝廷自然以曾伯函老成持重，前在江南多年，情形熟悉，措置咸宜等语相劝，同时调遣李绍泉补任直隶总督以安大局。两江局面混乱，而曾伯函却迟迟不肯动身前往。曾伯函几经推托，朝廷几经敦促。最后，曾伯函才打点好行装准备动身。启程前，曾伯函恳请召见，以观察仁曦太后对江宁时局的看法。实际上，曾伯函一直都在密切关注着江宁的事态发展。刺杀案一出，江宁将军魁玉，他的门生布政使梅启照等就一直给他频频来函。象朝廷一样，曾伯函也非常关心那个幕后主使人有没有审出来。抵达江宁后，曾伯函却并不着急审案，每日里不过是聊天接客。在朝廷再次钦派的刑部尚书郑敦谨抵达江宁前，曾伯函唯一所做的与刺杀案有关的工作，不过是给马新贻作了一幅挽联，前往吊唁了一番，仅此而已。而后来在与郑敦谨共同审案的过程中，曾伯函又往往沉默寡言，极少发问。(未完待续。)