但岛津洋子却认为，曾伯函并非是刺马案的幕后主使，他在刺马案发生前应该并不知情，而在刺马案发生后的种种不合理的行为，其实是在为善后工作的开展做着掩护。
刺马案的真正幕后主使，是曾伯函的弟弟曾伯恒！
曾伯函行事一向稳重老成，从未做过如此狠辣之事，刺马案不是他的风格，而案发后他的一系列善后之举，才是符合他行事风格的作法。
而曾伯恒行事一向鲁莽蛮狠，刺马案中刺客张文祥下手的地方，居然就是两江总督的阅兵场，而且他如入无人之境般走向两江总督，没有人拦一下，没有人问一下，就让刺客下手了。
这一手，并非博弈，而是挑战，光天化日下，就在阅兵场上，刺客一出手，便将总督杀了，不是用枪，而是用匕首，并非躲在人群里远距离射击，而是向总督冲过去，贴身行刺。这简直就是“万马军中取上将首级”如探囊取物！那么多的士兵，都是干什么吃的？竟然让这么一个刺客，那么轻易的就奔向他们的总督大人，这还叫兵营？除非是放行，把刺客放到总督大人的身边去，此外，怎么可能！更为令人难堪的是，刺客并不急于逃走，他好像不是来行刺，而是来行刑，他把阅兵场当做他的刑场，向那些来抓他的士兵，宣布他们总督的罪行，还是一条条陈述。
马新贻一死，如同当胸一拳，打在朝廷胸口上，挨了这一拳，朝廷可谓颜面扫地。须知马新贻入主两江，为敬亲王举荐，仁曦太后恩准的，俗话说“打狗也要看主人”，可杀了狗给主人看，这便不是曾伯函的行事风格，而是曾伯恒的行事风格了。
在明确了案情和时代背景之后，岛津洋子便悄悄的开始了调查和取证。
岛津洋子的调查先从郑敦谨和其助手颜士璋开始。
郑敦谨素有“青天”名声，是个依法办事的人，在他手里，就办过湘军将领，他一到江宁，就提审犯人张文祥，曾伯函在一旁听审，一言不发，连审了十几天，但审出了什么，却没有人知道。
据当时的传闻，刺客张文祥在监狱里，只是被审讯，没有人敢对他用刑，曾伯函的理由是，张文祥是朝廷要犯，怕有人以用刑为由，杀人灭口。没有大刑侍候的审讯，能审出什么来？只能任犯人胡说八道。据说有一天，张文祥突然承认，他刺杀马新贻，除了复仇，还兼有为国除奸的使命，因为“马贼通回”。他这么一说，就再也没人敢向他问个究竟。因为平定圣平天国之后，是平绺剿回，跟着就是左季皋的西征大戏，西征使“通回”在政治上是个极为敏感的词。马新贻是回人，难免与回人有往来，将案情引向西征，这案子还怎么审？须知左季皋西征，带的可是湘淮军，打仗在西北，而钱粮方面却要靠东南支撑。这样一来，案情越扯越乱，郑敦谨大怒，欲要下令对张文祥用刑，却不料曾伯函开口说了一句：看来只好仍照原审奏结。这时郑敦谨才明白自己可能只是摆设，朝廷让他高调出马，是要借他的名声来结案。于是，郑、曾联衔上奏依原审结案，曾还附了一个夹片，陈明“实无主使别情”，然后，将张文祥凌迟，摘心献祭，给马新贻办了祭礼。
郑敦谨自结案以后便杜门不出，对于曾伯函的所有邀请一概辞谢，曾伯函送他程仪，也分文不收。圣旨还未下达，罪犯还没正法，他便离开了江宁。曾伯函为他送行，他头也不回，扬帆而去。之后郑敦谨并未回京交旨，船到淮河边就停了下来，打发两名助手颜士璋和伊勒通阿代他回京交旨，他本人声称有病，不能回京。钦差大臣不回京交旨，按朝制是要治罪的。曾伯函觉得有点对不住他，从中斡旋，方才掩饰过去。但郑敦谨并不领情，而是请求开缺，终生不再为官。颜士璋和伊勒通阿回京复旨之后，很快便在官场消失。但颜士璋留下了一本《南行日记》，记述了审案一事，在书中隐晦的指出刺马案与湘军有关，背后有大人物主使。
按照岛津洋子的要求，忍者们的调查取证主要围绕两方面进行：一方面围绕刺客张文祥的社会关系及案发当日现场目击人员如督标中军副将俞吉三、巡捕叶化龙、唐得金、家丁张荣、差弁方秉仁、刘云清、朱信忠、告状喊冤人王咸镇等人以及当日校场官兵展开；另一方面则从当时的会审官员颜士璋、伊勒通阿、孙衣言等人展开。为了保密起见，岛津洋子没有使用林逸青的银牌拓令，而是密令忍者们如有必要，可将调查对象绑架刑讯，以求得有用的线索。
[多说几句：我国古代有严刑峻法这种传统。很多人把我国古代法系，认为是一个没人权、没法制的黑暗法系，整个就是一团糟。
我国古代确实是严刑峻法，但是有学者也提出了一个观点，就是说，一个国家法律的严峻程度，应该跟什么相关呢？应该跟破案率相关。如果说破案的技术很高明，破案率很高，那么，刑法就应该轻一点。只要你犯罪了，你都能被抓住，刑法就轻一点，量刑适当。如果说破案的技术非常低，被抓住的概率也很低。那么这个时候，就应该严刑峻法——不一定抓住你，但是抓住你，你就会死得很惨。这样才能起到对社会犯罪的威慑作用。
我国古代的严刑峻法很大程度上是因为破案技术很落后，没有指纹技术没有dna检验，主要就是依赖口供；没有全国身份信息联网，抓捕逃犯也非常困难。所以必须允许一定的刑讯逼供，必须要严刑峻法，才能有效地震慑和打击犯罪，维护社会稳定。从这个角度来看，我国古代的法治体系的积极意义和合理性是很大的。跟同时期的西方法制体系比起来，我国要先进发达得多。
但是今天这样说，为古代的严刑峻法辩护，是不是说，应该恢复古代的那种严刑峻法呢？用凌迟、砍头、五马分尸来震慑犯罪？当然不是。因为时代变了，今天的刑事破案技术，刑事破案率已经大幅度提高了。这种情况下，就应该强调程序的正义性，强调罪刑相适应，这样也能够维护社会稳定，这是没有问题的。
但是，实事求是地承认我国古代严刑峻法的合理性，能够得出什么有益的启示呢？就是可以抵御西方那些极端的轻刑思想。从基础的理论层面来证明，应该对那些给国家社会造成严重危害的人处以严厉的惩罚，以保护那些遵纪守法的人，保护这个社会的正常秩序。
西方刑罚思想片面地强调轻刑、片面地强调程序、片面地强调保护罪犯的权利，应该坚决反对抵制。像挪威那种，拿着机枪打死八十几个人的犯罪分子，只判了十几年，还可以住在五星级酒店一样的监狱里面，享受非常爽的生活。这种事情，就是不应该出现的。谁要是认为西方就是比我国先进，我国的法律思想就是落后，他们把杀死八十个人的罪犯当大爷养着就是先进的，恕难同意这种观点。通过正确的反思我国历史，可以理直气壮地抵制这些错误的做法和思想，更好地维护社会稳定，保障遵纪守法的普通人民的权利。作者注。]
除此之外，因为张文祥有海盗和帮会的背景，岛津洋子还把朱雪雁和黄峥嵘也拉进了调查队伍当中，以便借助她们手下人马的力量进行深入的调查取证。而李思竹为了帮助岛津洋子，也带着李向天等人从天国余部方面入手调查。
一张大网就这样悄无声息的张开了。
忍者们自从跟随林逸青来到乾国后，有如水银泻地，很快的便融入了乾国社会当中，并很好的吸收了乾国同行的技术手段，因而尽管是调查这样的陈年旧案，效率仍然很高，很快便取得了突破性的进展。
调查颜士璋的忍者伪装成儒学高士同赋闲在家的颜士璋接触，二人很快成为要好的朋友，之后某次闲谈，忍者装作无意中谈起当年马新贻遇刺一案，表现得甚为不平，颜士璋大起知遇之感，痛哭流涕之下，先是破口大骂曾伯恒，然后便将他所知道的一切全盘说出。
原来颜士璋在刑部多年，审案态度一向虔诚持重，曾平反昭雪数百件疑案冤狱，凡定罪者，务求证据确凿，经过调查商榷核实后方才作结，有丰富的办案审讯经验，是以在随郑敦谨来到江宁后，
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