EYES队探测到奇里亚星人的生物反应后赶往现场，用威吓弹暂时阻止了暴走的奇里亚星人，让其暂时恢复了平静。在从村民那里得知了奇里亚星人的所作所为后，EYES队等人也决定要伸出援手。

之后，奇里亚星人为了保护村民而再次冒险吸收毒物，不可避免的再度暴走。受到奇里亚星人嘱托的春野武藏变身为高斯·奥特曼登场，阻止狂化的外星人。暴走的奇里亚星人压制了月神模式的高斯·奥特曼，并焚烧雾隐山。后来，高斯·奥特曼变身为日蚀模式，以压倒性的战力击败了奇里亚星人，并以「克兹缪姆光线」净化了奇里亚星人体内的毒物。随后，高斯·奥特曼日蚀更将所有的宇宙之花花粉发送到宇宙空间中消灭，彻底解决了毒物的威胁。奇里亚星人恢复自我，继续以山野先生的身份留在雾隐村里生活。

阿尔克拉，是神秘的宇宙生物“雪之星”进行变态发育前的姿态，为了完成发育而来到地球，在R2地区的森林地带中出现，径直前往市街区，途中还不断放射出爆破光弹，破坏了树林和街区建筑。EYES队赶来阻止阿尔克拉前进，在被麻醉弹击中后不久，阿尔克拉就倒地不起。

阿尔克拉的倒地，并不是因为麻醉弹，而是其体内细胞的自我摧毁，使得生命力逐渐下降，趋近于死亡。由于阿尔克拉的破坏力，EYES队通过交涉后勉强和防卫军达成共识，让阿尔克拉待在原地直至死亡，期间EYES只负责驻守但不攻击。然而，阿尔克拉在「细胞凋亡」过程中一时间回光返照，生命力提升而苏醒，并继续释放出爆破光弹进行破坏。EYES队没有办法，只能对阿尔克拉进行格杀。

春野武藏变身为高斯·奥特曼出现，阻止了EYES的攻击，并和暴躁的阿尔克拉展开战斗。一番格斗战后，阿尔克拉的生命力再度耗尽而倒下，最终完成了分裂变态发育，化为了无数的“雪之星”。由于“雪之星”是吞食放射性废弃物的有益生物，“雪之星”没受到攻击，最终飞向了遥远的宇宙。

天敌怪兽马萨尔加斯，是一种能捕食光之病毒·卡欧斯头部的怪兽，它体内的「卡欧斯嵌合体」酵素能够分解消化卡欧斯头部，并化为能源供它自己活动。因此，马萨尔加斯在宇宙中四处追逐着卡欧斯头部，向地球飞来。当卡欧斯头部在芹泽新区建筑预定地出现时，马萨尔加斯也变形为陨石状抵达了现场，随后开始捕食行动。卡欧斯头部无法附身马萨尔加斯，还反被怪兽吸收了一部分能源，于是立刻逃走，马萨尔加斯也下潜到地层中隐藏。

TEAMEYES解析了马萨尔加斯的身体，发现了「卡欧斯嵌合体」酵素的存在，制定计划要捕获怪兽。卡欧斯头部为了解决掉马萨尔加斯这一天敌，故意把一直追着自己的怪兽引到了防卫军的弹药库附近。EYES展开捕获作战，但抑制弹的药效被马萨尔加斯无效化，镭射栅栏的能源被吸收，两架战斗机也都被怪兽击落。捕获失败，马萨尔加斯闯入了弹药库，防卫军准备动用怪兽歼灭兵器「特比地斯909」导弹将其消灭。春野武藏变身为高斯·奥特曼登场，阻拦马萨尔加斯。但防卫军趁着交战时发射导弹击中了马萨尔加斯，将怪兽体内的「卡欧斯嵌合体」酵素细胞彻底摧毁。马萨尔加斯奄奄一息，被卡欧斯头部趁机附身，变异成为卡欧斯马萨尔加斯。

面对狂暴的卡欧斯马萨尔加斯，高斯·奥特曼接连切换日冕模式、日蚀模式迎战，最终将怪兽体内的卡欧斯头部逐出并消灭，让马萨尔加斯变回原状。但马萨尔加斯体内的细胞早已被防卫军全部摧毁，最终倒地身亡，尸体被高斯·奥特曼送回了宇宙。