袁应泰此时也以身殉职，杨镐、熊廷弼、袁应泰连续三任辽东经略，或下狱、或罢免、或自杀，辽东经略这个位置在大明朝堂上已经成了”烫手山芋“。然而辽东的形势如此危急，仍然需要有人去担当这个重任。
天启皇帝于是召开御前会议，商议辽东经略人选，当时有朝臣上奏曰：”臣入辽时，士民垂泣而道，谓数十万生灵，皆熊廷弼一人所留，其罪何可轻议？独是熊廷弼受知最深，蒲河之役，敌攻沈阳，熊廷弼策马趋救，何其壮也？使熊廷弼在辽，当不至此。庙谟之胜，只在用舍得人。即如熊廷弼守辽一年，奴酋未得大志，不知何故首倡驱除，及下九卿科道会议，又皆畏避不敢异同，而熊廷弼竟去，今遂有沈阳之事，昨辽东按臣张铨遗书长安（长安在汉、唐时一直是首都，明朝人普遍崇尚汉、唐，因此当时读书人习惯性将京城称为长安，并不是真的指西安），谓今日急着，非旧经略熊廷弼不能办此事，则昔时逐之者其误竟何如也！以后凡朝廷大事俱望皇上毅然乾断于上，敕诸臣洗心毕虑于下，一破雷同附和之私，共效忧国奉公之谊。“
天启皇帝闻言道：“卿忠诚识大体，所奏熊廷弼事，自是公论，亦见卿主持国是定力，朕已知之。”，于是天启皇帝罢免了之前弹劾熊廷弼的言官，准备重新启用熊廷弼为辽东经略，熊廷弼刚一上任，就为天启皇帝献上了一个三方布置，攻防一体对付建虏的策略：“广宁用马，步军列垒河上，以形势格之，缀敌全力；天津、登、莱各置舟师，乘虚入南卫，动摇其人心，敌必内顾，而辽阳可复。于是登、莱议设巡抚如天津，以朝庭重臣为之；而山海关特设经略，节制三方，统一事权。”
天启皇帝于是封熊廷弼为兵部尚书，兼右副都御史，驻山海关，经略辽东军务，对于熊廷弼提出的人事任命，天启皇帝也一一同意；在熊廷弼出发前，天启皇帝特赐麒麟服一套，彩币四枚，尚方宝剑一把，又命文武大臣都为熊廷弼送行，并从京营中精选精锐士兵五千人陪着熊廷弼出发，这是大明王朝开国以来，皇帝对大臣极为少见的殊荣。
胡子睿知道袁可立之所以能出任登莱巡抚，也正是因为天启皇帝听取了熊廷弼的策略；熊廷弼是胡子睿心目中能挽救辽东危局的人选，如果天启皇帝能始终如一地相信他的话，辽东局势不会危急到现在这个地步。
就在熊廷弼第二次担任辽东经略，准备前去辽东的时侯，一个出乎熊廷弼预料的人事变动，让他原本光辉的前途蒙上了一层阴影，原来的辽东巡抚薛国用因为染病，辞官而去，接任薛国用巡抚之位的乃是王化贞。
王化贞字肖乾，山东诸城密州街道高乐埠村人，万历四十一年（公元一千六百一十三年）进士，这年的主考官乃是叶向高，王化贞于是拜叶向高为恩师，叶向高在万历、天启年前曾经两度出任首辅，更在《东林党点将录》中将其列为：天魁星及时雨，被视为东林党党首。叶向高照拂这个自己弟子，让王化贞以户部主事历右参议的身份，守卫广宁（今辽宁北镇）。
当时蒙古炒花诸部对广宁“虎视眈眈”，王化贞镇守广宁整军备武，蒙古诸部皆不敢“轻举妄动”；朝廷遣官员前往广宁调查，也说王化贞颇得蒙古诸部之心。袁应泰丢失沈阳、辽阳之后，士兵逃亡的很多，王化贞招揽流亡的将士万余人，镇守广宁孤城，为大明王朝在辽东留下了一个立足点，当时朝臣们都认为王化贞是个难得的人才，于是天启皇帝除了封命王化贞作广宁巡抚外，又另外给他加了一个右佥都御史的头衔。
王化贞在广宁驻守多年，在蒙古炒花等部也有威望，朝臣们都很支持他；熊廷弼的才能就更不用多说了，这两个人如果能够配合无间，辽东的形势必然会有所改进。然而，胡子睿知道，明朝末年，从来不缺乏意见相反，甚至闹到“不可开交”的大臣们，这种无休止的内斗，甚至延续到明朝最后灭亡才终结。前面曾经说起的卢象升与杨嗣昌是一对，而此时同在辽东的王化贞与熊廷弼也是一对“唇枪舌剑”的好基友！
在王化贞与熊廷弼的斗争中，王化贞是首先出手的那个人，广宁城在山角下，登山可俯瞰城内，只有三岔河可以为阻碍，但是三岔河的黄泥洼处，水很浅可徒步涉水而过。王化贞部署诸将，沿河设六营，每营置参将一人，守备二人，画地分守；西平（今台安县南）、镇武（今黑山县东）、柳河（今新民县西南）、盘山（今盘山县）诸路要害，各置戍设防。
熊廷弼对王化贞的此番部署不以为然，他给皇帝上疏曰：“河窄难恃，堡小难容，今日但宜固守广宁。若驻兵河上，兵分则力弱，敌轻骑潜渡，直攻一营，力必不支。一营溃，则诸营俱溃，西平诸戍亦不能守。河上止宜置游徼兵，更番出入，示敌不测，不宜屯聚一处，为敌所乘。自河抵广宁，止宜多置烽堠（烽火台）；西平诸处止宜稍置戍兵，为传烽哨探之用。而大兵悉聚广宁，相度城外形势，掎角立营，深垒高栅以俟。盖辽阳去广宁三百六十里，非敌骑一日能到，有声息，我必预知。断不宜分兵防河，先为自弱之计也。”
御史方震孺也认为王化贞的部署不妥，附和熊廷弼的意见，于是天启皇帝否决了王化贞的意见。方震孺，字孩未，安徽桐城（今安庆市桐城县，黄梅戏之乡）人，万历四十一年进士，他和王化贞是同届参加科举的考生，也是叶向高的学生。沈阳、辽阳落入建虏之手，方震孺一日上了十三道奏疏，请增设巡抚，通海运，调边兵等。