王敦参军吕猗，尝为台郎，性奸恶，戴渊为尚书时，甚恶之。吕猗说王敦曰：“周顗、戴渊，皆有高名，足以惑众，近者之言，曾无怍色，公不除之，恐必有再举之忧。“王敦素忌二人之才，心颇然之，于是从容问王导曰：“周、戴南北之望，当登三司无疑也。“王导不答。王敦又曰：“若不三司，止应令仆邪？“王导又不答。王敦曰：“若不尔，正当诛尔！“王导又不答。
丙子，王敦遣部将陈郡、邓岳收周顗及戴渊入狱。先是，王敦谓谢鲲曰：“吾当以周伯仁为尚书令，戴若思为仆射。“是日，王敦又问鲲：“近来人情何如？“谢鲲曰：“明公之举，虽欲大存社稷，然悠悠之言，实未达高义。若果能举用周、戴，则群情贴然矣！“王敦怒曰：“君粗疏邪！二子不相当，吾已收之矣！“谢鲲愕然如失。
参军王峤乃王浑之族孙也，曰：“济济多士，文王以宁。奈何戮诸名士！“王敦大怒，欲斩王峤，众莫敢言。谢鲲曰：“明公举大事，不戮一人。峤以献替忤旨，便以衅鼓，不亦过乎！“王敦乃释王峤，黜之为领军长史。
周顗被收监狱，路经太庙，大声言曰：“贼臣王敦，倾覆社稷，枉杀忠臣。神只有灵，当速杀之！“邓岳以戟伤其口，血流至踵，容止自若，观者皆为流涕。周顗并戴渊被杀于石头南门之外。王导后见周顗上表为已求情，执之流涕曰：“吾虽不杀伯仁，伯仁由我而死，幽冥之中，负此良友！“
晋元帝司马睿使侍中王彬劳王敦。王彬素与周顗友善，先往哭周顗，然后见王敦。王敦嗔怪其仪容惨淡，问之。王彬曰：“向哭伯仁，情不能已。“王敦怒曰：“伯仁自致刑戮；且凡人遇汝，汝何哀而哭之？“王彬曰：“伯仁长者，兄之亲友；在朝虽无謇愕，亦非阿党，赦后加之极刑，所以伤惋也。“
王彬殊无惧容，不肯拜，更数落王敦曰：“兄抗旌犯顺，杀戮忠良，图为不轨，祸及门户矣！“王敦大怒，厉声曰：“尔狂悖乃至此，以吾为不能杀汝邪！“时王导在坐，为之惧，劝王彬起谢。王彬曰：“脚痛不能拜！且此复何谢！“王敦辞气慷慨曰：“脚痛孰若颈痛！“
王敦自为丞相、江州牧，进爵武昌郡公，邑万户，使太常荀崧就拜，又加羽葆鼓吹，并伪让不受。还屯武昌，多害忠良，宠树亲戚，以兄王含为卫将军、都督沔南军事、领南蛮校尉、荆州刺史，以义阳太守任愔督河北诸军事、南中郎将，王敦又自督宁、益二州。
王师败绩之时，王敦求驺虞幡（晋制最重驺虞幡，每至危险时，或用以传旨，或用以止兵，见之者皆折伏而不敢动，亦一朝之令甲也。昔年八王之乱时，张华曾用驺虞幡来遣散楚王司马玮大军）以对付甘卓；甘卓闻周顗、戴若思遇害，”痛哭流涕“曰：“吾之所忧，正谓今日。每得朝廷人书，常以胡寇为先，不悟忽有萧墙之祸。且使圣上元吉，太子无恙，吾临王敦上流，亦未敢便危社稷。吾适径据武昌，王敦势逼，必劫天子以绝四海之望。不如还襄阳，更思后图。”遂即命撤军。
都尉秦康试图说服甘卓曰：“今分兵取王敦不难，但断彭泽，上下不得相赴，自然离散，可一战擒也。将军既有忠节，中道而废，更为败军将，恐将军之下亦各便求西还，不可得守也。”甘卓不能从。甘卓回师后，性情大变、举止失常，警卫不严，襄阳太守周虑等密承王敦意旨，知甘卓无备，诈言湖中多鱼，劝甘卓遣左右皆捕鱼，袭害了甘卓，传首于王敦。甘卓四子、散骑、郎蕃等人，皆被周虑害死。
胡子睿认为甘卓在处理王敦乱事时“犹犹豫豫”、“首尾两端”，到头来即害了江山社稷，自己也落了个悲惨的下场，可见男子汉不可做事犹豫，缺乏决断。
王敦素以晋明帝司马绍神武英明，朝野之所钦信，欲诬以不孝而废焉。大会百官而问温峤曰：“皇太子以何德称？”王敦声色俱厉，必欲使有言。温峤对曰：“钩深致远，盖非浅局所量。以礼观之，可称为孝矣。”众皆以为信然，王敦阴谋遂止。
太宁元年（公元三百二十三年），晋元帝司马睿架崩，晋明帝继位，王敦暗示让朝廷征用自己，晋明帝乃手诏征之，又使兼太常应詹拜授加黄钺，班剑武贲二十人，奏事不名，入朝不趋，剑覆上殿。（魏、晋以来权臣，如董卓、曹操等人皆享受这种待遇）王敦移镇姑孰，晋明帝使侍中阮孚赍牛酒犒劳，王敦称疾不见，使主簿受诏。以王导为司徒，王敦自为扬州牧。
王敦既得志，暴慢愈甚，四方贡献多入己府，将相、岳牧悉出其门。徙王含为征东将军、都督扬州江西诸军事，从弟王舒为荆州，王彬为江州，王邃为徐州。王含字处弘，凶顽刚暴，时所不齿，以王敦贵重，故历显位。王敦以沈充、钱凤为谋主，诸葛瑶、邓岳、周抚、李恒、谢雍为爪牙。沈充等人并凶险骄恣，共相驱扇，杀戮自己；又大起府弟，侵人田宅，发掘古墓，剽掠市井，士庶解体，世人咸知其祸败焉。
王敦从弟豫章太守棱日夜切谏，王敦怒，阴杀之。王敦无子，养含子应。及王敦病甚，拜王应为武卫将军以自卫。钱凤谓王敦曰：“脱其不讳，便当以后事付应。“王敦曰：“非常之事，岂常人所能！且王应年少，安可当大事。我死之后，莫若解众放兵，归身朝廷，保全门户，此计之上也。退还武昌，收兵自守，贡献不废，亦中计也。及吾尚存，悉众而下，万一侥幸，计之下也。“钱凤谓其党曰：“公之下计，乃上策也。“遂与沈充定谋，须王敦死后作乱。
王敦又忌周札，杀之而尽灭其族。常从督冉曾、公乘雄等曾为晋元帝腹心，王敦又害之。以宿卫尚多，奏令三番休二。及王敦病笃，晋明帝司马绍诏遣侍中陈晷、散骑常侍虞〈马斐〉问疾。时晋明帝司马绍将讨王敦，微服至芜湖，察其营垒，又屡遣大臣讯问其起居。迁王含为骠骑大将军、开府仪同三司，王含子王瑜任散骑常侍。