崇祯帝御文华后殿阅章奏召韩爌等人，谕曰：“以拟旨务消异同，开诚和衷，期于至当。”韩爌等顿首谢，退言：“上所谕甚善，而密勿政机，诸臣参互拟议，不必显言分合。至臣等晨夕入直，势不能报谢宾客。商政事者，宜相见于朝房，而一切禁私邸交际。”崇祯帝以为韩爌此言有理，即谕文、武百官遵行。
在魏忠贤、崔呈秀、客氏死后，崇祯帝一直观察着朝堂上的形势，发现当时从各部尚书、巡抚为首的柄国者皆悉魏忠贤遗党，这些人不铲除，自己就无法放开手脚地来施展自己的冶国理念。他们被自己对魏忠贤的雷霆一击给震慑，纷纷上疏为自己辩解：蓟辽总督阎鸣泰就说自己虽然给魏忠贤修的生祠最多，但是大部分都是以御史梁梦环为首的手下人，瞒着自己建的，自己只能负监督不力的责任，不能负主要责任。
阎鸣泰除了为自己辩解之外，更检举揭发兵部署部事、都察院右副都御史霍维华是阉党，霍维华曾经为袁崇祯求官，在崇祯皇帝心目中印象还不错，于是他颇有兴趣地看了下去。
中官王安当掌司礼监印，辞疾居外邸，冀得温旨即视事。王安与魏忠贤有隙，阉人陆荩臣者，霍维华内弟也，侦知之以告。霍维华故与魏忠贤同郡交好，遂乘机弹劾王安，魏忠贤辄矫旨杀之。刘一燝、周嘉谟咸恶霍维华，用年例出为陕西佥事。其同官孙杰言，霍维华三月兵垣无过失，刘一燝、周嘉谟仰王安鼻息，故摈于外。魏忠贤大喜，立逐刘一燝、周嘉谟，而霍维华亦以外艰归。
此后，霍维华和崔呈秀堪称魏忠贤的两大谋主，帮他制订《三朝要典》；霍维华在兵部时，每次给先帝上奏折，都要称颂魏忠贤的功劳，霍维华性奸邪，所亲为近侍，宫禁事皆预知，因进仙方灵露饮。先帝初甚甘之，已而渐厌。及得疾，身体肿大，魏忠贤颇以咎霍维华。霍维华甚惧，而虑有后患，欲先自贰于魏忠贤，乃力辞宁、锦恩命，让功袁崇焕，乞以己荫授之。魏忠贤觉其意，降旨颇厉。无何，熹宗崩，魏忠贤败，霍维华与杨维垣等弥缝百方。其年十月，以兵部尚书协理戎政。崇祯改元后附珰者多罢去，霍维华毫无去意，辽东督师王之臣因附珰党被免，代者尚未至，霍维华谋行边自固。
崇祯皇帝先在阎鸣泰的奏折上做了一个记号；接下来，他又翻了几封奏折，颜继祖也极论魏党霍维华罪状曰：“霍维华狡人也，珰炽则借珰，珰败则攻珰。击杨涟、左光斗者，霍维华也。杨涟、左光斗被逮，而阳为救者，亦霍维华也。以一给事中，三年躐至尚书，无叙不及，有赉必加，即霍维华亦难以自解。”
崇祯皇帝在心中不禁为之一叹，霍维华真是好深的心计！霍维华如此作为，崇祯皇帝在心中已把划为阉党一员；像阎鸣泰这样洗白别人，指使别人的臣子们很多，崇祯皇帝现在正慢慢收集这些人的罪证，到时侯好一网打尽。颜继祖后面论述工部冗员、三大殿叙功滥用国家爵位写的不错，崇祯皇帝当即批示要汰去加秩寄俸二百余人。
一封攻击杨维垣的奏折引起了他的注意。原来杨维垣上书攻击韩爌，惹怒了倪元璐，倪元璐生于万历二十一年（公元一千五百九十六年），字汝玉，号鸿宝，浙江上虞(今属绍兴市)人，倪元璐于天启二年进士，拜袁可立为座师。
倪元璐出典江西乡试。暨复命奏曰：”臣顷阅章奏，见攻崔呈秀、魏忠贤者必与东林并称邪党。夫以东林为邪党，将以何者名崔呈秀、魏忠贤？崔呈秀、魏忠贤既邪党矣，击崔呈秀、魏忠贤又邪党乎哉！东林，天下才薮也，而或树高明之帜，绳人过刻，持论太深，谓之非中行则可，谓之非狂狷不可。且天下议论，宁假借，必不可失名义；士人行事，宁矫激，必不可忘廉隅。“
崇祯帝认为倪元璐的这个逻辑关系说得不错，既然自己将阉党定性为邪党，那么攻击邪党的就不可能也是邪党，而倪元璐所用廉隅一词，在此处乃是指端正的行为、品性，《礼记·儒行》中有“近文章，砥厉廉隅。”《汉书·扬雄传上》也有“不汲汲於富贵，不戚戚於贫贱，不修廉隅以徼名当世。”
倪元璐认为应该重新审查魏忠贤当权时的冤案：”自以假借矫激为大咎，于是彪虎之徒公然背畔名义，决裂廉隅。颂德不已，必将劝进；建祠不已，必且呼嵩。而人犹且宽之曰：‘无可奈何，不得不然耳。’充此无可奈何、不得不然之心，又将何所不至哉！乃议者以忠厚之心曲原此辈，而独持已甚之论苛责吾徒，所谓舛也。今大狱之后，汤火仅存，屡奉明纶，俾之酌用，而当事者犹以道学封疆，持为铁案，毋亦深防其报复乎？然臣以为过矣。“
倪元璐用事实来说明韩爌根本不是东林党人：”历年来借东林媚崔呈秀、魏忠贤者，其人自败，何待东林报复？若不附崔呈秀、魏忠贤，又能攻去之，其人已乔岳矣，虽百东林乌能报复哉？臣又伏读圣旨，有‘韩爌清忠有执，朕所鉴知’之谕。而近闻廷臣之议，殊有异同，可为大怪。韩爌相业光伟，他不具论，即如红丸议起，举国沸然，韩爌独侃侃条揭，明其不然。夫孙慎行，君子也，韩爌且不附，况他人乎！“
崇祯皇帝读到这里点了点头，东林党内部并不是铁板一块，也混进了不少品行不良之人。倪元璐重申崇祯皇帝提出的天下为公、避免党争理念：”陛下明旨曰:‘分别门户，已非治征’，曰‘化异为同’，曰‘天下为公’，而杨维垣则倡臣为孙党、赵党、熊党、邹党之说。是陛下于方隅无不化，而杨维垣实未化;陛下于正气无不伸，而杨维垣不肯伸。杨维垣怪臣盛称东林，以东林尝推李三才而护熊廷弼也。抑知东林有力击魏忠贤之杨涟，首劾崔呈秀之高攀龙乎!“