副总兵秦衍祚等亦攻克遵义。奢崇明父子逃入红崖大囤，官军蹙而拔之。连拔天台、白崖、楠木诸囤，抚定红潦四十八砦。贼人奔入旧蔺州城，五月为参将罗象乾所攻克。奢崇明父子率余众走水西樊龙场客仲坝，倚其女弟奢社辉以守。时总兵卢世卿禽伪御史汪泽远、伪参谋文道南，副将秦翼明禽伪监军夏奇云、伪给事中孔闻过等，并获伪印十余枚，铠甲、仪仗如山。又获伪总兵田进忠，云：“奢崇明计穷，将献美女、黄金于水西安邦彦借兵。”
安邦彦遣兵十六七营，已过河到狮子山。目把曾仲英领兵六营，尚驻赤水河，谋分兵，一由镇雄兵三营乘永宁之后；一由普安入新寨，攻永宁之前。朱燮元败走之。
天启皇帝以杨述中总督贵州军务，兼制云南及湖广辰、常、衡、永十一府，代张我续共办奢、安二贼。然两督府分阃治军，川、贵不相应，贼益得自恣。
天启三年六月，贵州总兵鲁钦等三路进兵，直入贼巢，擒土司何中尉等，进营红崖。红崖者，天台、水脚、娄石、牛酸草等七囤，素称天险，官兵未有至者。总兵张彦芳击贼于羊耳，亦败之。追至鸭池河，夺其战象，斩首二百七十余。七月，大兵战胜，深入大具洪红鸟冈。贼所借鸟芸等部苗，望风奔溃。王三善按辔直入大方，降者千计，救出田景猷、刘志敏、杨明楷等。
奢社辉、安位焚大方老巢，窜火灼堡。安邦彦逃入织金。川兵入龙场，阵获奢崇明妻安氏及奢崇辉、蔡金贵、李廷、王承恩、张尚极等。安位母子遣汉把刘光祚赴镇远乞降，总督杨述中许之，授贼党袁绍等状，令擒奢寅父子自赎，遣之回巢。袁绍等至省，羁留未发，奢崇明父子窜深箐。弟奢崇辉，奢寅、奢国祯皆被创走。朝廷录功，进朱燮元右都御史。
时蜀中兵十六万，土、汉各半。汉兵不任战，而土兵骄淫不肯尽力。成都围解，不即取重庆；重庆复，不即捣永宁；及永宁、蔺州并下，贼失巢穴，又纵使远窜。大抵土官利养寇，官军效之，贼得展转为计。奢崇明父子方窘甚，朱燮元以蜀已无贼，遂不穷追。永宁既拔，拓地千里。朱燮元割膏腴地归永宁卫，以其余地为四十八屯，给诸降贼有功者，令岁输赋于官，曰“屯将”，隶于叙州府，增设同知一人领之。且移叙州兵备道于卫城，与贵州参将同驻，蜀中遂靖。
而抚按会议亦勒令安位母子，限时缚解安邦彦、奢寅，然后请旨治罪。大抵王三善以元凶未穷，当用剿为抚，而杨述中一意主抚，议遂不合。王三善驻大方日久，安邦彦日夜聚兵自益，令其党陈其愚诈降。陈其愚者，目把中大猾也。王三善轻信之，多与参赞军务，由是安邦彦纤悉尽知。
天启四年春正月，王三善自大方还贵州，陈其愚相继随行。忽传陈其愚山后遇贼，王三善勒马回视，陈其愚故纵辔冲王三善堕地。王三善知有变，将帅印付家人，嘱令护持先去，即抽袜中小刀自刎。颈皮已破，陈其愚下马夺其刀，猡鬼诸苗蜂拥而至。王三善骂贼不屈，贼割其首去。副将秦民屏亦死之。秦佐明、秦祚明突围出，贼势复张。事闻，总督杨述中回籍听勘。
既而监军御史传宗龙获陈其愚，诛之。陈其愚狡凶多计数，安邦彦倚为耳目，至是安邦彦如断一臂尔；天启四年七月，总理鲁钦、刘超克岩头寨，破平茶，乘胜深入，至织金败绩。天启五年春，云南巡抚闵洪学复沾益。水西、蔺、乌沾三逆合兵数万，窥沾益，闵洪学败走之。四川乌撒土目安效良，水西贼安邦彦肺腑之亲也，其顺逆惟水西是视。水、蔺相继叛，滇抚闵洪学以兵力不继羁縻之，令其擒贼自赎，安效良亦佯为恭顺，擒安应龙以献。
而安效良所遗献功之人领文还，中途被劫。安效良又见黔师出陆广，滇师入沾益，隐然有抚背扼吭之势，水、乌益成骑虎矣。至是，遂乘截黔之余焰，南向入滇，合蔺水、乌沾、安南诸部三十九营，直抵沾益。众十倍于我，副总兵袁善、宣抚使沙源等督率将士奋勇血战，对垒城下者五日夜，屡出奇兵破走之。
天启六年春，水西苗老虎、阿引等，杀贼酋奢寅来降。苗老虎随侍奢寅有年，着巴乃奢寅骑引马卒，李老松乃奢寅看茶卒。奢寅妻在箐林山上，相去二三里。奢崇明居克仲具，相距三百余里。奢寅子阿甫年七岁，一女嫁芒部。时水西约二月三路兴兵，一攻云南，一攻遵义，奢寅专攻永宁。奢寅素性凶淫，附近夷人、妻女有姿色者强奸之，富于财者勒索其镪，不遂辄死，以此部下多往镇雄、芒部逃生。
其麾下人阿引等故尝受抚臣朱燮元金钱，令图奢寅，与总兵利瓦伊新歃血，密谋举事。奢寅微觉，缚阿引拷掠之，以利刃穿其左足一昼夜，阿引至死不承，奢寅乃释之。阿引勾合苗老虎、李明山等同谋。适奢寅与其下痛饮酣歌，登床而寝。苗老虎佯与奢寅盖絮，见奢寅睡方鼾，持刀砍其胸，奢寅大呼，李明山复助砍，奢寅身死肠出。李明山刀折，伪总兵等闻讯入，苗老虎遁走，直往箐中擒奢寅妻，妻已闻变逃矣。贼党追苗老虎等甚急，至一碗水，遇官兵，乃降。
二月，安邦彦率众数万渡江，与明军大战数日。总理鲁钦力御之，抵暮，贼兵益众，而明军因久未发饷，乘夜皆溃，鲁钦自刭死。贼烧劫麻姑孙官堡，苗仲复助逆，贵州三十里之外，樵苏不行，城中大震。巡按傅宗龙先遣王国祯等攻河沙坝猡鬼，尽俘之，广顺、定番、青岩、白纳一带，苗蛮为之夺气。继遣张云鹏战安邦彦于赵官堡，小战二日，大战二日，所杀伤者甚众。水内、水外之贼，奔走溃归，道路复通。