叛军方面，奢寅在成都造云梯和旱船(吕公车)，日夜攻城。

秦良玉等各路援军到达成都以后，与登莱副使杨述程、安锦副使刘芬谦大败叛军于牛头镇，收复新都。

天启二年正月二十九日，朱燮元以叛军将领罗乾象为内应，又遣部将设伏诈降。

诱奢崇明至城下，再败其军，罗乾象投降，成都解围。

官军乘胜追击，先后收复资阳、内江、简州、泸州等40余州县，奢崇明父子退往永宁。

五月二十三日，诸军进逼重庆，秦良玉率秦民屏夺取二郎关，总兵杜文焕破佛图关。

川东兵备副使徐如珂亦击退奢寅所遣周鼎援军数万，歼敌万余。

二十八日，收复重庆，杀死樊龙和张彤。

此后，双方屡战于建武、长宁、珙县、宜宾、遵义一带，互有胜负。

三年春，朱燮元吸取了“我以分，贼以合”因而未能彻底平叛的教训，决定集中兵力，直捣永宁。

设疑兵于纳溪，佯为进攻，而暗中集中主力于长宁，进兵永宁，官军与石柱士兵连战皆捷。

四月，克永宁。

五月，克蔺州。

崇明父子率余部败退水西龙场，联合贵州安邦彦，分兵犯永宁、遵义，被川军击退。

四川总兵官李维新、监军副使李仙品、佥事监军刘可训等，统率各将。

分5路进兵龙场，擒获奢崇明妻安氏、弟奢崇辉及叛军大学士、经略、丞相、总督等文官武将多人，斩首1000余人。

奢崇明父子俱受伤而逃，四川平叛战争宣告结束。

明廷令废水宁宣抚司，设道府治理其地。

此役，共击毙叛军2.79万余人，俘获1.26万余人，招降头目134名。

官军阵亡人，伤者194人。

其后，崇明父子长期客居水西，依附于安邦彦。

奢安两氏虽然也有利益冲突，之前奢崇明之子奢寅与安尧臣就有领土之争。

但其世代联姻，整体利益是根本一致的。

此时水西安氏首领安尧臣刚死，其子安位年幼，安尧臣之妻奢社辉（奢崇明的亲妹妹）摄事。

水西大权掌握在奢社辉，和安尧臣之弟贵州宣慰司同知安邦彦手中。

奢社辉和安邦彦听到奢崇明起事的消息后，没有过多的犹豫，也举起了反旗。

迅速的占领了毕节、安顺、沾益等地。

在西南水西安氏的影响力是巨大的，此次战乱因为安氏的加入而升级，一时间西南地区土司纷纷响应。

水东土司宋万化亦起事自称罗甸王，占据龙里。

天启二年二月，安宋两氏为主的十万起义军包围了贵阳。

将贵阳围了整整一年之久，逃入贵阳城内四十多万，由于粮尽，兵民相食。

总兵张彦芳公开组织杀人，人肉四斤值银一两。

天启三年，贵州巡抚王三善率兵解贵阳之围后，城内吃到还剩2万多人。

这是中国历史上最惨烈的一次围城之战，如要与之相比。

恐怕只有唐代安史之乱时的睢阳之围可以与之相比了。

安邦彦率部退回水西，与奢崇明的永宁军合流，和朝庭打起了持久战。