他带领治水的民工，走遍各地，根据标杆，逢山开山，遇洼筑堤，以疏通水道，引洪水入海。禹为了治水，费尽脑筋，不怕劳苦，也不敢休息。他亲自率领老百姓风餐露宿，过家门而不入，整天在泥水里疏通河道，把平地的积水导入江河，再引入海洋。

有一次，大禹在治理淮水时，遇到一个名为巫支祁的妖怪，此妖乃是在豫南桐柏山中的花果山，为天生神猴。后娶龙女为妻，生了三个儿子，都是神通广大的魔头。他自为淮涡水神，在淮河中建有龙宫，其势力波及黄河中下游和长江中下游，经常为患江淮，祸害百姓，此时大禹为了治理水道，触犯了其地盘，于是便率十几万山精水怪在淮源大战禹王，后被降服，囚在淮河下游的龟山下。

于是，原本大禹只是简单治水，但是由于巫之祁被抓，逃走的妖怪以一传百，说大禹要杀他们，便搬山搬石阻挡大禹，大禹无法，此时天庭之上的昊天看到这一情景，便让太白金星带着开山斧前往下界，交给大禹，大禹借此神斧，一路开山改水。

经过13年治理，终于取得成功，消除了中原洪水泛滥的灾祸。因为治洪水有功，人们为表达对禹的感激之情，尊称他为“大禹”，即“伟大的禹”。

之后帝舜功德圆满，由于是三皇五帝中的最后一个，所以上天赐下的功德较尧要多一点，之后舜便被接往火云洞中，在知道轩辕与伏羲、神农之事后，便顺从了伏羲神农的安排，而没有何之前的几人一样。

舜将帝位让给儿子商均，但是天下众人不服，在诸侯的拥戴下，禹王位，定住在阳城，国号夏，大禹分封丹朱于唐，分封商均于虞，改定历日称为夏历，以建寅之月为正月。

在治水的过程中，禹走遍天下，对各地的地形、习俗、物产等皆了如指掌。禹重新将天下规划为九个州，并制定了各州的贡物品种，禹还规定：帝畿以外五百里的地区叫甸服，再外五百里叫侯服，再外五百里叫绥服，再外五百里叫要服，最外五百里叫荒服。甸、侯、绥三服，进纳不同的物品或负担不同的劳务。要服，不纳物服役，只要求接受管教、遵守法制政令。荒服，则根据其习俗进行管理，不强制推行中央朝廷政教。