皇帝仪仗队组成，魏忠贤得以庇荫都督佥事，他又派党羽李永贞假冒浙江太监李实上奏，逮捕惩治前应天巡抚周起元以及已辞官归乡的江浙籍人高攀龙、周宗建、缪昌期、周顺昌、黄遵素、李应升等，高攀龙投水而死，周顺昌等人死于狱中。苏州百姓见周顺昌被捕，很不平，便打死了两名校尉，巡抚毛一鹭便逮捕颜佩韦等五人，将他们诛死。刑部尚书徐兆魁治理狱案，凡是魏忠贤所恨的人，便判以重刑，魏忠贤又听从霍维华的意见，命顾秉谦等人编修《三朝要典》，竭力毁谤东林党人。御史徐复阳请拆毁讲学书院，以绝党根。御史卢承钦又请立东林党碑，海内人士都屏息丧气，霍维华于是教魏忠贤在边防冒进邀功。
辽阳男子武长春逛妓家，说了些妄言，被东厂擒拿。许显纯将他拷打治罪，故意夸大其辞说：“长春是敌人间谍，如不擒获将有变乱，赖东厂臣属忠诚机智，立下奇功。”朱由校诏封魏忠贤的侄儿良卿为肃宁伯，赐给宅第、庄田，颁给铁券。吏部尚书王绍徽请尊崇他的先世，朱由校诏令赠魏忠贤以上四世为肃宁伯。魏忠贤又假传圣旨派他的党羽太监刘应坤、陶文、纪用镇守山海关，收揽兵权。再给他记功，庇荫都督同知和世袭锦衣卫指挥使各一人。浙江巡抚潘汝桢奏请为魏忠贤建祠堂。仓场总督薛贞说草场失火，赖魏忠贤救助，得以无害。于是，为他歌功颂德的人相继不断，各地祠堂都从此开始兴建。
编修吴孔嘉与同宗人吴养春有仇，便诱使吴养春的奴仆告发主人隐占黄山，吴养春父子结果都死于狱中。魏忠贤派主事吕下问、评事许志吉先后往徽州抄他的家，株连相属，非常残酷。知府石万程心中不忍，削发挂职而去，徽州几乎酿成祸乱。其党羽都督张体乾诬告扬州知府刘铎代李承恩图谋陈解狱案，勾结方术士方景阳诅咒魏忠贤，结果刘铎竟被斩首。又以睚眦之怨，诬告新城侯的儿子锦衣卫官员王国兴，将他判以死罪，并罢免主事徐石麒。御史门克新诬告吴县人顾同寅、孙文豸写诔文祭奠熊廷弼，两人被判犯了妖言罪斩首。又逮捕侍郎王之肕，将他毙死狱中。凡是魏忠贤素来所恨的，像韩火广、张问达、何士晋、程注等人，虽已离职，也要将他们从官籍中除名，重的则被充军，死了的还要追赃，将他破家。有些魏忠贤偶然忘了的，他的党羽一定追论前事，激起魏忠贤的怒火。
当时，内外大权全归于魏忠贤，阉官除王体乾等人外，还有李朝庆、王朝辅、孙进、王国泰、梁栋等三十余人，做左右拥护。外廷文臣有崔呈秀、田吉、吴淳夫、李夔龙、倪文焕主谋议，称为“五虎”；武臣则有田尔耕、许显纯、孙云鹤、杨寰、崔应元主杀戮，称为“五彪”。还有吏部尚书周应秋、太仆寺少卿曹钦程等人，称为“十狗”。又有“十孩儿”、“四十孙”等名号。而做崔呈秀这帮人门下的，又不可胜数。从内阁、六部到四方总督、巡抚，都遍布他的死党。他内心忌恨张皇后，这年秋，便诬告张皇后的父亲张国纪纵奴犯法，然后假传中宫旨意，企图撼动张皇后，朱由校为他按奴法治罪，并责备张国纪。魏忠贤不满意，又派顺天府丞刘志选、御史梁梦环轮番揭发张国纪的罪状，并说皇后不是张国纪的女儿，正好王体乾危言劝阻，魏忠贤这才罢了。
三殿建成，李永贞、周应秋上奏魏忠贤的功绩，朱由校遂进封魏忠贤为上公，加恩三等。魏良卿那时已晋封肃宁侯，这时又晋封肃宁公，食禄按魏国公例发给，再加恩庇荫锦衣卫指挥使一人、同知一人，工部尚书薛凤翔上奏给魏忠贤赐府第。不久，太监陶文上奏喜峰隘口筑成，督师王之臣上奏筑山海关城，刑部尚书薛贞上奏大盗王之锦狱案，南京修建孝陵竣工，甘镇奏捷，蕃育署丞张永祚擒获盗贼，他们都说是出于魏忠贤的筹划和计策。魏忠贤又自己上奏三年缉捕的功劳，朱由校下诏褒奖。
半年之中，魏忠贤所庇荫的有锦衣卫指挥使四人、同知三人、佥事一人。又授给他的侄儿希孟世袭锦衣卫同知，外甥傅之琮、冯继先为都督佥事，而升崔呈秀的弟弟崔凝秀为蓟镇副总兵。名器被僭越滥用，至此达到了极点。他的同党全部坐镇蓟、辽，以及山西宣府、大同各险要之地。总兵梁柱朝、杨国栋等人每年都向他奉献名马以及珍玩之物，从不间断。
既非阉党又非东林的袁可立，本来并不想卷入党争，三殿大工正兴，兵部左侍郎有阅视之责，“逆珰魏忠贤与崔司马柄肆虐，有事大会无不呈面媚颜，公独屏居人后，不假辞色。”“经略遣人为（老酋）吊祭，公（袁可立）恨其（袁崇焕）辱国非计，飏言于朝。某公急掩其口曰：‘勿忘言，封拜在此举矣。’公叹曰：‘以此封拜，不虑贻笑后世乎？’拂袖而出。大司马闻之逆珰，珰大恨之。令侦事者日伺公门，卒无可中者。会南户部尚书缺，廷推公，逆珰传票致仕。”九卿科道官公推袁可立南京户部尚书。
本来魏忠贤也有意依赖袁可立的才望，来支撑和平衡多事的明兵部，但阉党已经无法隐忍袁可立的忤逆不顺，下决心将袁可立排挤出朝。袁可立当堂抗疏道：“此非挂冠神武门时乎？”，遂被迫致仕归里。时北则崔呈秀为本兵，自袁可立去职，天下兵马大权阉党一手握定，派崔文升总督漕运，李明道总督河道，胡良辅镇守天津。崔文升原来曾侍奉光宗服药，受到东林党的攻击。
海内争相望风献媚，督抚大臣如阎鸣泰、刘诏、李精白、姚宗文等，争相为魏忠贤颂德立祠，纷纷攘攘，唯恐不及。下及武夫、商贾小人。无赖之徒也都为他建祠。这些祠堂都建得极为工巧，他们侵占百姓田宅，砍伐坟地树木，谁也不敢控诉他们，而监生陆万龄甚至请求以魏忠贤配祭孔子，以魏忠贤的父亲配祭启圣公。
当初，潘汝祯首先上书，御史刘之待会藁迟了一天，即被撤职除名。而蓟州道胡士容因不备具建祠书文，遵化道耿如杞因入祠不拜，都被投入狱中，判了死罪。因此天下的风气，章奏无论巨细，都称颂魏忠贤。宗室如楚王朱华、中书朱慎鉴，功勋外戚如丰城侯李永祚，廷臣如尚书邵辅忠、李养德、曹思诚，总督张我续以及孙国桢、张翌明，郭允厚、杨维和、李时馨、汪若极、何廷枢、陈维新、陈尔翼、郭如暗、郭希禹、徐溶等人，都是佞词连篇，不顾羞耻。魏忠贤也时常给他们加以恩泽作为报答。所有的奏疏，都称魏忠贤为“厂臣”而不称其名。大学士黄立极、施凤来、张瑞图在起草圣旨时，也必说“朕与厂臣”，没有人敢直写魏忠贤的名字。山东产麒麟，巡抚李精白画下图像上报朝廷。黄立极等起草圣旨说：“厂臣修德，故仁兽到。”妄言欺骗竟至于此，朱由校前后赐给他嘉奖令无数，所发给的诰命都仿九锡文。
这年从春到秋，魏忠贤冒领汪烧饼擒获阿班歹罗铁的功劳，累计庇荫锦衣卫指挥使达十七人。他的族孙希孔、希孟、希尧、希舜、鹏程，姻亲董芳名、王选、杨六奇、杨祚昌，都官至左、右都督和都督同知、佥事等。客氏的弟弟光先也加封为都督。魏抚民又从锦衣卫调任尚宝卿。而魏忠贤的志愿还没达到，正好袁崇焕上奏宁远捷报，魏忠贤于是令周应秋上奏封他的族孙魏鹏翼为安平伯。再记三大工程功劳，封他的侄子良栋为东安侯，加封良卿为太师，鹏翼为少师，良栋为太子太保。
于是，他普遍赏赐群臣，用崔呈秀为兵部尚书兼左都御史，唯独将袁崇焕的功劳废弃不录。当时鹏翼、良栋都还在襁褓之中，还不能走路呢。良卿甚至还代天子供祭南北郊社，祭祀太庙，天下都怀疑魏忠贤要篡夺政权了。
朱由校性机巧，好动斧锯以及涂漆之类的事情，累年不倦，每次在拉线削墨时，魏忠贤之辈常来奏事。朱由校很厌烦，荒谬地说：“我已知道了，你们好自为之。”魏忠贤因此便任凭自己的意愿恣行威福。他一年中多次出行，每次总是坐着文轩，羽帘青盖，四马如飞，铙鼓鸣镝之声，随着轰隆而过的车轮，隐没在飞扬的黄土之中。锦衣卫官校腰围玉带，踏靴着衤夸，提刀相随，夹驰于左右，厨师、优伶、百戏、奴婢这些随从的人，又以万计。百官的奏章，要用快马才能赶上。所过之处，士大夫遮道拜伏，欢呼九千岁，一些人干脆叫他“九千九百岁”“举朝阿谀顺指者但拜为干父，行五拜三叩头礼，口呼九千九百岁爷爷。”而魏忠贤还左顾右盼，不加理睬。客氏居于宫中，胁持皇后，残虐宫嫔，偶尔出宫回私宅，侍从声威显赫，光照道路，看上去就像是皇帝的仪仗队。魏忠贤原来愚笨无所长，他的党羽便日夜教他，又有客氏做内主，于是群凶肆虐，荼毒海内。
朱由校驾崩，信王朱由检即位，朱由检素来熟知魏忠贤的罪恶，自己深加戒备，魏忠贤的党羽开始恐惧了。杨所修、杨维垣先攻击崔呈秀以试探朱由检心意，主事陆澄原、钱元悫，员外郎史躬盛于是纷纷论奏魏忠贤，但朱由检隐而不发。
嘉兴贡生钱嘉征弹劾魏忠贤十大罪：一与皇帝并列，二蔑视皇后，三搬弄兵权，四无二祖列宗，五克削藩王封爵，六目无圣人，七滥加爵赏，八掩盖边功，九剥削百姓，十交通关节。奏疏呈上后，朱由检召见魏忠贤，让内官读给他听。魏忠贤非常恐惧，急忙用重宝贿赂信邸的太监徐应元，求他解救。徐应元是魏忠贤从前的赌友，朱由检知道这事，便斥责徐应元。
便将魏忠贤发往凤阳安置，魏忠贤在去凤阳的途中，仍豢养一批亡命之徒，朱由检闻悉后大怒，命锦衣卫前去逮捕，押回北京审判。李永贞得知消息，连忙派人密报魏忠贤，魏忠贤自知难逃一死，行到阜城时，听到后一项命令，便与同伙李朝钦在阜城南关客氏旅店痛饮至四更，最后一起上吊自杀。
朱由检诏令将魏忠贤肢解，悬头于河间府，将客氏鞭死于浣衣局，魏良卿、侯国兴、客光先等都被处死，并暴尸街头，还抄了他们的家。在抄客氏的家时，得八名宫女，大概想仿效吕不韦所为，所以人们尤其憎恨她。命大学士韩爌等人审定逆案，这才将魏忠贤的党羽尽数逐出，东林党人又得以进用，那些与逆案有关的人日夜图谋报复。其后温体仁、薛国观之辈相继执政，他们暗中排挤正直人士，为翻逆案做准备。朱由检也厌恶廷臣结党营私，于是又委任宦官，而逆案中的阮大铖等人终于肆毒于江左，直到灭亡。