李明勋是不是开导自己，西蒙斯等人不太清楚，但是最终东南变乱却是戏剧性收场的，按照安全局的情报，在沈廷扬原封不动传达了李明勋的话后，郑成功气急败坏，但是这个识时务的国姓爷可不敢挑衅李明勋亲手制定的规则，因此只得按照命令，交出金、厦二岛。
郑成功一面派人悄悄联络施琅军中的监军和周氏兄弟，一面派遣大军南下金夏清剿叛逆，可最终的结局是，施琅杀了郑成功的监军，直接向漳、泉一带的满清军队投降，引满清军入厦门、金门，幸好岛上的守军多与满清有血海深仇，而短短一个月的时间，施琅也没有掌握这支军队，在周瑞兄弟的率领下守军竭力对抗，只是福建沿海，水师以施琅部为首，金夏守军只得固守，而郑成功率水师来援，最终结局也只是撤出岛上军民，返回了舟山，金、厦二岛落入了满清手中。
毫无疑问的是，郑成功要为金、厦二岛的失陷负责，因为他根本没有为这二岛与清军死战的计划，郑成功知道，守住二岛最终也是要交给郑彩，这种没好处的事他可不会去做。
施琅的叛变让东南变乱戛然而止，金夏易手的责任再难怪罪到郑成功的头上，在郑成功的宣传里，施琅本就是叛逆小人，蒙蔽了国姓爷，早前就可能投靠了满清，借助南下金夏的机会，故意火并，意图挑起国姓与郑藩、合众国的内战，其心可诛，国姓更是公告天下，必要诛杀此獠。
东南变乱导致合众国的东南藩镇盟友的地位变的岌岌可危，舟山藩镇此刻有陆师没有水师，而郑藩有水师没有陆师，虽然郑彩提议舟山各藩镇一起出兵收复金、厦，日后共享福建沿海，但是被舟山藩镇拒绝了，郑成功铁血专权，郑彩心胸狭隘，都是容不得人的，这些军阀不想在这二人下听令，自然也不会帮助郑藩，一时间，这群盟友没了根据之地，只能等着两广会战后，听李明勋安排了。
两广会战从永历七年的十月中旬一直打到了永历八年的二月上旬，一开始胜利的进军在东南乱起之后戛然而止，毕竟有三万盟军因为东南变乱而无心作战，虽然他们不承担主要作战任务，但老家失陷让军心大损，在很长一段时间里，清军与盟军在深圳大营鏖战不休，双方谁也奈何不了谁。
而这段时间也给了合众国集结兵力的时间，当舟山的消息传到香港，李明勋的第一道命令就是坚持收复两广的政策不动摇，他深刻的意识到，合众国还不具备同时解决两广和东南沿海两场战争的能力，两头顾及，两头可能都不讨好，与那些只顾着走私赚钱的东南藩镇相比，夺取两广培养琼藩和晋藩两大盟友更具有价值。
在三个月的时间里，李明勋从调来北洋战区陆军第二师的一个步兵旅和一个骑兵团，加强两广战场，并且把刚刚完成整编的陆战队第一旅从台湾调集到两广，如此，盟军又相当于多了一个陆军师的兵力，大规模的进攻从二月中旬开始，李明勋誓言要在广东湿热的夏季到来之前结束主要战事，这样可保证秋季稻可以顺利播种产出，今年琼、晋二藩可以顺利收到秋税。
盟军曾经试图阻止混编步队一点点的啃下深圳大营，披了两层甲的西营老兵，手持手榴弹和手枪的掷弹兵，懂的爆破、格斗和枪法的战斗工兵，另有轻榴弹炮和猎兵的支援，这样的进攻步队在清扫战壕的过程中发挥了重要作用，在堑壕战中，双方的伤亡比率一直在六比一以上，但实际上，并不超过三比一。
堑壕战开始之后，临时制造的爆炸物、铁蒺藜、毒烟弹和竹签子，一系列恶毒的陷阱设置在了清军壕沟之中，从战场上下来的士兵饱受毒烟弹里的巴豆、砒霜，竹签子、铁蒺藜上沾染的马粪马尿和被铁钉、碎石撕开伤口的伤害，许多人因为内伤、外伤死在了后方野战医院的帐篷里，堑壕战形成了以命换命的局面，当清军把绿营兵和民夫顶在前面的时候，李明勋和李定国知道，这种战争要停止了。
堑壕战结束，想要改变两广会战的面貌，就要开战登陆作战，一把利刃直刺满清心脏，这也是两广会战的备用计划，负责此次计划的是陆战队司令乌穆，他指挥一支战列舰分队，陆战队第一旅和南方战区水师，琼藩水师黄蜚部和郑藩水师予以配合，而他们的对手有清军平藩麾下南头总兵许龙部，和广东水师总兵张国勋部。
与原本的历史不同，广东海域因为合众国的介入一向平静，从沈犹龙时代起，合众国就致力于在清剿珠三角的水贼、海匪，这一行动在李成栋入主广东时候达到了高潮，后李成栋反正，双方都是没有停下，等到平、靖二藩进入广东时，已经没有多少海贼投靠其作为水师了，许龙算是‘硕果仅存’的广东海盗之一，投了尚可喜成为了南头总兵，驻扎深圳河以北的新安一带，也合众国水师交战不断，但两广会战一开始，便是去了虎门做缩头乌龟，与广东水师总兵张国勋抱团取暖。
尚可喜与耿继茂掌握广东，知道合众国水师的厉害，又苦于自己水师不强，因此在珠江航道大修炮台工事，珠三角深处以海珠石、海印石炮台为主，两座炮台夹击航道，封锁珠江，保护广州雄城，而外围的防御则只到虎门一带，出了虎门，便是宽阔的伶仃洋，是用炮台守不住的。
珠江口是中国为数不多的航运便利区，但那是对于小帆船或者桨帆船来说，对于动辄几百上千吨的大海船来说，珠江航道一点不友好，即便是珠江口的伶仃洋，长久以来，也只有夏季三四个月的西南季风期才能进入，这也是葡萄牙人选择澳门，而不是航道更深处据点的原因，澳门虽然淤积严重，但好歹处于外围，西南与东北季风季都有进出的时间窗口，但虎门就不同了，如果是葡萄牙人或者其他什么势力攻打虎门，也只能是六月到八月之间进行，否则光是在珠江航道上就能撞个头破血流。
合众国不同，自从香港开埠之后，就没有停止过对于珠江航道的勘探和记录，香港港开埠，大吨位的商船都是要通过划桨船的拖拽进入商港，现如今，几乎可以自由通行了。