此时雨隐村的村长是有“忍者半神“之称的山椒鱼半藏，虽为小国但却有不亚于三大国的武力。四国的矛盾冲突激化，终于由火之国挑起事端，与雨之国开战，第二次忍界大战开始。

这场战斗其中有团藏的影子，因为在一战中让猿飞日斩继承了三代火影，团藏其实心里有点不满的，所以可能是想接着这个战争除掉三代？

开战后，木叶忍者大举攻入雨之国，雨之国沦为了战场。战争中雨之国民流离失所，许多人在战争中丧生，漩涡长门的父母被木叶忍者误杀，长门成为了孤儿，种下了对木叶的仇恨。

随后，风之国和土之国也向雨之国开战，砂隐村和岩隐村忍者也攻入了雨之国。火雨两国是最先交战的，山椒鱼半藏在当时几乎是忍界巅峰水平的实力，与木叶的战斗中未有败绩。自来也、纲手、大蛇丸也被木叶派往雨之国战场，三人也与半藏交战不敌，但三人不俗的战力和绝不放弃的精神使半藏生出惜才之情，因此被留住性命，还得到“三忍“的名号，可谓一战成名。

虽然没能战胜半藏，但木叶整体实力胜过雨隐村，而且雨隐还同时面对风之国和土之国两大强敌。最终，两国以木叶胜出而签订停战条约，木叶忍者撤出战场。在木叶忍者陆续撤离过中，发生了一段小插曲，三忍偶然相遇长门、弥彦、小南三个孤儿。自来也出于歉疚和怜悯，决定独自留下照顾并教导他们。

雨之国与火之国打的时候，风土两国想趁火打劫，攻击雨之国，名义上是帮助木叶。

但是雨之国和火之国通过协商停战了。

之后雨之国和风土两国打，火之国坐山观虎斗，这让风土两国很生气。风之国一向是火之国的盟友，火之国这个做法让风之国很生气，于是风之国和火之国开战。

风之国和雨之国停战，木叶和砂隐开战。

期间，砂隐村的忍者在战场中使用千代婆婆的毒药进行战斗，已经成名的纲手和大蛇丸被派往战场，纲手以出色的医疗忍术破解了毒药。千代研毒用毒，纲手研毒解毒，两人在战场上以医疗忍术进行了一场别开生面的对决，最终纲手解毒更胜一筹。此战中，纲手作为医疗忍者大放异彩，“医圣“的地位由此奠定。除了纲手，木叶上忍旗木佐云也在战场上立下赫赫战功，因其手持散发白光的查克拉短刀而被人称为“木叶白牙“。千代婆婆的儿子和儿媳也在此战的一次任务中，被其所杀。

虽然，火之国在战争中始终稍占上风，但是仍无法一举击溃风之国，而成为一场持久战。随着战争伤亡的增加，战场规模的不断扩大，两国对战力的使用激增。年幼的下忍也作为战力，开始被派往战场执行任务。纲手的弟弟千手绳树、宇智波美琴、漩涡玖辛奈、波风水门等从木叶的忍者学校毕业后，也踏入战场。

这场战争造成了蝎父母的死，让蝎对木叶有了很深的仇恨，这也是蝎之后偷袭三代风影杀了他的原因。

自号最强风影，却徒具虚名，让砂隐蒙受屈辱，蝎就把他杀了。

风火两国的战争持续了数年也还没结束。雷之国也在期间对火之国有过战斗，云隐村的忍者在战场中发现了漩涡玖辛奈的特别之处，随后趁木叶村空虚之时，潜入木叶掳走了玖辛奈。

在逃回云隐的途中，因波风水门发现了玖辛奈留下的标记而暴露了行踪，最后在火之国边境线附近被波风水门击杀。玖辛奈因此获救，木叶差点失去了九尾。这次事件如果九尾被夺，尾兽平衡一旦打破，木叶甚至会因此灭亡。所幸的是，波风水门及时发现并救出了玖辛奈。

此战，纲手的弟弟和恋人接连丧生，让她伤心欲绝，甚至得了晕血症，不想再成为医疗忍者从而远走他乡，开始了二十年的沉沦。

虽然风火两国的战争，火之国胜利，风之国签订了屈辱的同盟协定。

但是土之国对于火之国的仇恨依然在。随着木叶与国境附近的小国与忍者村的战争而抽掉大量军力布守前线的时候。

岩隐村派出逾千名忍者，穿过草忍者村对木叶进行突袭。

其中最重要的一战是神无毗桥之战。在第三次忍界大战中，木叶高层命令水门率领队员旗木卡卡西、野原琳、宇智波带土去破坏敌方岩隐村的补给要道神无毗桥。当时正值卡卡西晋升上忍之日，水门将带有飞雷神术式的苦无送给卡卡西做礼物。

身为上忍的卡卡西带领琳和带土组成一个小队，在遭遇敌人之时卡卡西率先发动攻击，但因为没意识到“千鸟”的缺陷而陷入危机，此时水门以飞雷神之术迅速杀死敌军的上忍，救下了卡卡西。

之后为了提高效率，水门决定兵分两路，自己一人前往前线支援伙伴，身为上忍的卡卡西带领琳和带土组成一队打入敌人后方。因为这个任务造成了带土的悲剧。

之后就是宇智波斑的计策了，他控制了水影趁着木叶在三战基本结束放松之际，将尾兽三尾矶抚封印在野原琳的体内，并在心脏处布下咒印使其无法伤害自己。

雾隐忍者兵分两路，一路由雾隐精英忍者部队突袭木叶吸引注意力。另一队则带着封印三尾的野原琳，准备将尾兽释放破坏木叶。让带土见证琳的死，从而继承他的遗愿。

此战还造成了一个强力影的身亡。

三代雷影在第三次忍界大战中，为了让同伴脱身，独自一人对抗多达1万名忍者的土之国敌军，孤身奋战，引开了敌人，为给同伴争取逃脱时间，整整坚持战斗了三天三夜后力竭而死。

统一一下三战的结果。

以现在的木叶情况，最有可能率先动手的是岩影村、云隐村。

但是云与岩影因为三代风影的死而有隔阂，所以不会联合动手。

除非战前，两方影会面和谈。

风影村现在的风影我爱罗刚被木叶所救，于情于理不会率先对木叶动手。

水之国的雾隐村多半时间都在闭关自守的时间，离木叶也较远，不会率先动手。

风与水不会率先动手，不代表着木叶崩溃的时候，这两国不会趁火打劫。

在木叶无人的情况下，团藏在纲手虚弱昏迷之时，接过了火影的这个烂摊子，当起了代理火影。

而这个时候的团藏在想着此时木叶的困局之时，他收到了一封信。

这封信的送信人是曾经音忍的萨克和琴，所代表的人是绯村亚索。

团藏做梦都没想到绯村亚索会给他写信，他此时正在准备和土影雷影会谈。