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在人类的舰队用人海战术不断击溃这些外星飞船后，时间也在不断流逝，导致时空错乱，但流失的时间也被一点点修复，最后完全修改正确。姜宁回到他本体中的宇宙得意的大笑，发现超体们已经控制不了整个时间线的正常轨迹局面，导致他们已经失去了时空控制的能力。于是，姜宁通过时空错位进入到异界超体内部，发现了正在控制时空的超体们。于是姜宁开始肆意地虐杀。
另一边，主宇宙线的时空中，在萨斯人的帮助下，一些潜在被感染的敌人苏醒被控制，飞船开始叛乱对自己的飞船进行开火射击，大批航舰在不知情的情况下被daoda
攻击，大批舰队被摧毁。第一批太空舰队灭亡之后，人类特殊军种开始对叛军进行追击，于是大批人工智能机器人对叛军进行自杀式袭击，人类的叛军也伤亡过半，显然已经开始挽回整个战争的局面，叛军还是向着探测器飞去，迎接他们的“主”获得更加强大的力量，连这些变异的究极体人类也同时回归到主宇宙的时空，参与这次最后的末日战争。
异变的究极体人类乘坐着太空飞艇，迎接萨斯人的探测器，它们华丽的黑色身躯，流线型的外形外套，黑色蚂蚁般的头盔，是太空军最为科幻级别的武器配置，普通的攻击是很难对它们有任何伤害。
当这些异化超体越过柯伊伯带，叛军部队第一次见到了萨斯人（克洛伊神族）造的探测器，这也是他们首次接触外宇宙文明的探测器，一座黑色金字塔状，它就是敌方首领。周围的空间被探测器扭曲成混乱的景象，这小小的探测器，它却有着宇宙中最先进的技术力量的结合，所以宇宙的科技力量的结晶，这小小的“黑色金字塔”超大质量竟让空间的扭曲变为多边形，像一个物体放在扭曲的水里，形状无规则，让外界的人永远无法摸清它真实的样子，幽灵来形容它是最恰当不过了，但它的技术却是整个宇宙的集合，周围的光也因为它自身强大的质量而被扭曲成弯曲的，像是无形的黑洞，在这个二号宇宙里显得格格不入，在超大质量的探测器面前，叛军的飞船像一张一桶就破的薄纸，这种至高无上的力量，让叛军们颤抖，叛军们都在热烈呼唤着他们心中的主，欢呼着他们心中的神。
探测器降落到一块巨大的陨石上，这颗巨大的陨石是被炸裂的冥王星残骸，他们汇集在一起进行仪式，许许多多的究极体人类都是超能力的异能者，他们都想看清楚“主”究竟是什么样子。
当超体人类见到如同神一般的文明从太空降临到地面时，歌颂着“神”的祷告，这颗金字塔状的探测器在静静观察着他们，许多叛军的飞船也向探测器的降临表达了善意的信号，它们在天空盘旋，组成恶魔的符合，以表示对他们崇高的敬意和忠心，异变的超体首领站在飞船的降落台上，衣着黑色燕尾服，但依旧保持着人类的身体，但头已经完全成为了恶魔，它默默与这个魔鬼鞠了鞠躬，期待着“主”的安排，也想获得更多可怕的力量。
然而这些外星舰队对他们的行为却不屑一顾，金字塔里周围空间开始变幻着周围的空间出现一树枝一样的植物，许许多多的异化人都进入到这个精神世界，这些植物白色透明，像一支蜗牛的眼睛抚摸着这个超体首领脸，首领得意着发出怪异的嘶叫，正在传达“主”给他带来的一切力量，他在幻境中表示愿意与主融为一体，在一番示意后，触角消失，幻境也消失了。他们并不理解“主”含义，但它们感知到一种可怕的力量正在吸取它们的超能力，之后迎接他们的将是比死亡还要可怕的深渊和绝望，他们的忠诚换来的却是灭顶之灾，首领站在甲板上，已经凝固成了白色液态般的“蜡像”，之后叛军的飞船被莫名的计算机病毒控制，所有飞船的程序出现乱码，大批飞船莫名其妙地停机熄火，仿佛让他们径直靠近幽灵探测器。此时叛军们才清楚，这个魔鬼一般的探测器是来吃掉他们的，他们纷纷逃窜，醒悟的同时但以为时已晚。
探测器疯狂旋转，周围空间完全扭曲，它却以每秒三十多万公里以超越光速驰向叛军飞船反物质发动机，这些其他的叛军大部分还不清楚是怎么回事，眼巴巴的看着它疾驰而来，直接让叛军首领究极体形态给撕了个粉碎，他们所敬仰的“主”并不把他们放在眼里，他们呆呆忘了许久才晃过神来，他们看着首领被直接干死却又无动于衷，却又不知所措，它们无处可逃，等待的只要死亡，此时的逃窜已经是多余的了，很快金字塔再一次冲向太空港口，这些太空中的一百多艘敌军战舰轮番被击穿，之后产生的巨大热核爆炸从第一排战舰开始蔓延，飞船船体被撕了一个大口子，在短短不到二十秒的时间，太空到处都爆发着炽热的核爆炸，那是反叛军的军舰，大爆炸所形成的钢铁暴雨在宇宙飞溅，太空仓被压扁的人体奔放出一朵血浆花蕾，形成一颗颗鲜血红宝石，探测器每次攻击都精确锁定飞船的反物质燃料仓，一艘飞船接二连三被摧毁，连地球联邦国际舰队的两千多艘太空军舰也都被波及，有些飞船的残骸撞击到另一艘战舰，太空军被狂轰滥炸，天空布满了火焰的爆炸，而那些反叛者还在幻想着唉吼道：“主啊～你为什么抛弃我们！！”
“主”的目的只有一个消灭整个人类，连异变的超体对“主”来说都是一种威胁，所以毁灭你与你无关！尼比鲁斯人此时已经开始对这些反叛者肆意的屠杀，丝毫不考虑另一种物种人类想的什么，灾难性的一幕上演了，太空反叛者在不到一分钟内全部被歼灭，他们的飞船如同燃烧的蜡烛瞬间融化，战场的规则完全被改写，毁灭它们的只是克罗伊文明的一颗探测器，天空闪烁着爆炸所形成的热浪，那里的温度高达俩千万摄氏度，任何物体到了那里都会被热浪的翻滚所气化。在滚滚热浪中，那些人体完全被烧焦，飞船被撞碎。天空到处都是残缺的太空战舰。没有什么比这场战争更令人绝望，完全不是一个等级文明的技术压制。
而超体们也同样控制在时空走向，突然之间，终极AI过滤掉时空的出现的错误恢复到原有的时空，一颗探测器爆炸了，而姜宁也从空间漏洞拿着一“超体”头颅向天空炫耀，控制时空的超体被另一个超体人类干掉了，那个人头就是时间控制者，姜宁把他杀了，站在月球空间站上，显然在黑色金字塔明白其意，时间不会再被重置了，于是这个外宇宙武器大肆屠杀的，并注意姜宁的一举一动，黑色金字塔看到被利用主要超体们死了，发狂地对大批舰队进行疯狂式摧毁，以证明他的威胁微不足道，黑色金字塔直奔姜宁。
各大星球被一颗小型探测器撞破，太空到处都是残骸和星球碎块。太阳系舰队完全覆没。只剩下地球舰队主力军——人类之光。
五十多岁的约翰·布莱恩看到这一幕，内心极其沉重，他面对能力永远无法探知的外星种族，虽说它们将所有的人类叛军一一剿灭，但约翰的心里依旧是痛的，因为他知道这些人虽然是傀儡，但毕竟还是被纳米机器人控制的人，在面对如此复杂多变的战争，年迈的约翰决定亲自上阵，带领着四十多万的地球舰队大军再次出发，浩浩荡荡的人类之光向着奥尔特星云迎击。引诱探测器转移注意力，也是保证超体姜宁能够活着。
在第一批舰队到达太阳系边界之后，舰队的飞船排列成巨大的c字型，包围整个外星舰队，因为胜利不再会被时间修改，舰队的目标是将敌人在包围圈内剿灭，之后留出空间将其余的飞船逃跑，然后利用其他智能机器人用自杀式爆炸袭击这些飞船，利用这些无人机轻便引导这些钢铁巨兽相撞，让它们自行灭亡，这样用最小的代价将其剿灭。
在地球国际飞船行驶在外太空的空间后，大批无人机部队也相续赶来，然而在对计划进行一半的时间后，尼比鲁斯人用超级纳米机器人已经悄悄侵入人类军舰的指挥系统，这些精密的系统和热信号传导装置直接被烧毁，燃烧之后，接触飞船里的氧气开始产生大爆炸。爆炸先是从一个太空舱传来，之后又烧毁了核聚变燃料室，很快里面的人被大火活活烧死，而其他星舰部队还不知发生了什么就瞬间被爆炸所产生的能量炸死，第一支全部阵亡，紧随其后第二支第三支……
约翰看到这一幕更加很意外且气愤，此时他的内心已经被绝望占据，于是取消a计划执行b计划，约翰布莱恩全力对外星的军舰进行攻击，这时候探测器已经被引诱到木星附近，木卫二附近的飞船开始进行反击，那些能摧毁一颗星球的γ射线炮对准“探测器”反复攻击，然而反复尝试击中后并对它没有丝毫损伤，而那些qi武器仿佛击中后完全稀释掉一般，反物质武器显然已经被太空舰队给用费了，而地球舰队一批又一批的战舰与这些外星舰队相序碰撞，以自杀式袭击撞击着这些外星舰队，大批飞船还是难逃摧毁的命运，这也在计划之外的结果，在万分紧急的时刻，年迈的约翰已经顾不得自身的安全了，他关闭了与“终极AI”的联络，因为他是人类最后一道防线，不想让克罗人发现最后的王牌，看着眼前的军舰一艘艘被摧毁，约翰陷入了沉思和苦痛，这是他的错误，而这个错误的责任由他自己负责，在几番流泪之后，悲愤的约翰下达命令指挥让大批军舰前往木星，这是最短的距离，一批飞船调离到木星之后，大批飞船已经燃尽最后的燃料，有些飞船尾部还燃着烈烈火光。但探测器已经向他们赶来，约翰脸上微微一笑。
军官下达命令后，这些视死如归的战士们，将计划输入到大脑中，对约翰如此的信任，已经将生死置之度外，但都不明白其意。之后又一批部队前往木星，约翰布莱恩已经顾不得一切，这一切都是他领导的失职，他知道这一切都是他的错误造成的，责任驱使让他自己承担这一切的过错，他的死可能换取一生背负着的责任，他令敢死队将整个核聚变装置与他的飞船组合，之后全部调队离开，别人不知道他在做什么，只觉得指挥官在做正确的事，而约翰的心里也是暗中在着最后一搏，经过几番周折，年迈的军官约翰·布莱恩将大批外星飞船引到了木星最近距离，在观测完距离的数据之后，已经进入到了目的地，约翰冷冰冰的一笑对视这些恶魔。
黑色幽灵般的金字塔，射杀了许多攻击它的飞船，这些燃烧飞船集体转向撞击外星飞船，一些外星飞船也遭到了重创。看到这一切，约翰觉得这些战士都是好样的，泪水不停的往地上滴。他觉得这一切的举动都是正确的，也是拿命赌的。
“魔鬼金字塔”首领追着人类大军的首领到离木星最近的地点，对这个首领进行赶尽杀绝，它还在发着恐怖的黑光，仿佛在嘲笑人类军官首领的愚蠢。
而约翰沉默不语，只是在火焰中疯狂的大笑……那种大笑是疯狂的，是震恨的、是走投无路视死如归的。
潘教授问到：“约翰，你想干什么？”
此时约翰已经满脸血迹，捂着脸：“畜生们，人类的意志是不可战胜的，你们追了这么久，也该让你们就此结束了，就让你们见识一下人类的力量！啊哈哈哈，都给我死吧！！”
潘教授突然醒悟到约翰为什么要这么做：“你这老家伙不想活了？！快离开木星，不然木星会变成第二个太阳的！”
“没关系，人类剩余的太空军还有时间逃脱！还有希望……”年迈的约翰微笑着，他启动最大功率向木星撞击，闭上了双眼……
巨大的战舰携带大量核武器向木星撞击，以光速的百分之九八的速度撞向了木星，这些外星飞船也紧随其后追杀着最后一艘战舰，对最后一支军队首领赶尽杀绝，当战舰与木星接触之后高温产生的摩擦与木星氢气发生爆炸，约翰将可循环的氧气全部释放，剧烈的爆炸开始了，他流着泪，再次看着满天的火光“再见了，宝贝~”随后消失在了火海。木星开始剧烈的爆炸！！巨大的木星开始燃烧爆炸！整个星球成为巨大的火球！
显示器中闪着红色的字符：天启号飞船与木星相撞，天启号飞船信号消失……
潘教授眼里流出一滴泪：“约翰！！人类会永远铭记你！！”
之后木星开始发生聚变反应，产生接二连三的巨大爆炸，这颗巨大的星球像一颗燃烧的火球。很快，第二个太阳爆发了，这种震惊的景象仿佛末日一般，它所产生的大爆炸一阵接着一阵，一批批先进的太空军舰完全熔化，燃烧的烈焰波及整个萨斯人的飞船，剧烈的大爆炸还在继续，这颗巨大的木星发生了核聚变反应发生了剧烈的爆发，燃烧的烈焰将“黑色金字塔”吞没，大批小型外星飞船还没来得及逃脱就已经被木星的爆炸所摧毁！木星此刻如同暴戾的太阳神，这种剧烈的燃烧一直持续了几十个小时。天空出现第二个巨大的太阳！太阳亮的发蓝，胜利的曙光就这么到来了，但约翰布莱恩却永远牺牲了，永远消失在了这个世界。
姜宁跪在地上，痴痴地望着天空。他知道约翰·布莱恩为什么这么做，不单单只是为了救最后一个超体，超体存在的意义也只有潘教授和约翰知道。约翰的脸颊映在太空永远的消失了。
“结束了！！我们终于胜利了！”潘教授眼睛闭着，眼睛开始默默流泪，这是他几个世纪以来第一次流泪，筹备了几个世纪就只为等待这一刻，他一下瘫坐到了指挥部位置上，许久都沉默不语。太多人死去了，太多人……
潘教授在信号还在播放画面的时候，看到四处到处都是飞船的废墟，和燃烧的残片，太阳系的所有军事设施成了一堆漂浮在太空中的垃圾，此时的太阳系如同一座机器的坟场，到处都是飞船的残片，人们开始搜救尽可能幸存的飞船，在寻找幸存者的时候，看着这一幕，泪止不住的流了出来。但他依旧寻找幸存的飞船，他大声喊着：“结束了，孩子们，我们胜利了！回家吧~”
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