袁崇焕接着说几件毛文龙违法做的事，毛文龙与其争辩，袁崇焕厉声斥责毛文龙，下令将毛文龙的冠服去除并捆绑起来，毛文龙表示不服，袁崇焕于是列数毛文龙的十二条罪状，拿出尚方宝剑，将毛文龙斩杀。[34]

袁崇焕杀了毛文龙之后，害怕他的部下叛变，于是增加他们的饷银，但是岛上的人没有主帅，人心背离，难以使用，而后会导致叛离。袁崇焕上书给明廷：“东江镇是牵制敌人所必须依托的。现确定两协的编制，马军十营，步军五营，每年饷银四十二万，米十三万六千。”皇帝朱由检对兵员减少军饷却增加的事情感到疑虑，但是一看是袁崇焕奏请的，也就答应了他。[35]

己巳之变

崇祯二年（1629年）十一月，后金主皇太极举兵数十万分别进入龙井关、大安口，袁崇焕听闻后率领祖大寿、何可刚入关守卫，所经过的蓟州、抚宁、永平、迁安、丰润、玉田各城，都分兵留守。皇帝朱由检得知后非常高兴，下令嘉奖袁崇焕的部下，并让袁崇焕统领指挥各地援军。[36]

但不久之后，遵化、三屯营都被后金军攻破，赵率教也在遵化战役中中流矢阵亡，[37]巡抚王元雅、总兵朱国彦自尽而死。后金军越过蓟州往西，直逼京城，袁崇焕忙率兵护卫京师。朱由检召见袁崇焕，赏赐御用酒菜及貂裘慰劳袁崇焕，袁崇焕以兵马长途奔波，疲惫不已，请求入城休整，但遭到拒绝。于是袁崇焕驻军城外，与后金军鏖战，互有胜负。[38]袁崇焕令戴承恩在广渠门列阵，祖大寿于南面列阵，王承胤在西北列阵，袁崇焕在西面列阵以备战，中午时刻，清骑兵从东南面进攻，祖大寿率兵奋力接战，而王承胤却拔阵向南避战。后金军力战祖大寿不下，于是撤退，明将刘应国、罗景荣等人率兵进行追击，杀伤后金军千余人，而明军死伤也很多。收兵后，朱由检用酒食犒赏军队。[39]袁崇焕又派遣任守忠率领五百人用火炮轰打金营，后金军撤退，京都之围遂解。[40]

下狱处死

但后金军退兵后，袁崇焕却被治罪。当初后金军进入的关口是属于蓟辽总理刘策所管辖，而袁崇焕得知后金军入关，直逼京城，于是千里迢迢赶来救援，自认为有功无罪，但是朝中大臣却有很多人认为是袁崇焕放清兵入关，于是纷纷诽谤袁崇焕与后金军有勾结，朱由检对此也很怀疑。此时后金军也设计离间，说袁崇焕与后金军有秘密约定。十二月，朱由检将袁崇焕下狱。[41]

魏忠贤遗党王永光、高捷、袁弘勋、史褷等人想趁机给魏忠贤报仇，以擅自与后金军议和、擅杀毛文龙两条罪名定袁崇焕死罪，并意图一并杀死钱龙锡。崇祯三年（1630年）八月，袁崇焕被凌迟处死，家人被流徙三千里，并抄没家产，实则家无余财。[42]

轶事典故编辑播报

关宁铁骑

关宁铁骑据说是一支由孙承宗和袁崇焕组织并训练的一支可以与后金军八旗骑兵抗衡的队伍。但史料里却没有袁崇焕关于关宁铁骑的记载，即便是梁启超的《袁崇焕传》和金庸作的《袁崇焕评传》也对关宁铁骑只字未提。

而吴伟业在清顺治九年成书的《绥寇纪略》提到“关宁铁骑”却是祖大寿的家将祖宽和堂弟祖大乐入关所带的军队，这支部队的编制有夷人的成分。[43]据《明季北略》记载，祖大寿收降夹在辽东与中国之间的夷人，组成了一支能骑擅射的军队。[44]

《明史》里提到的“关门铁骑”就是《绥寇纪略》说的“关宁铁骑”，[45-46]但这支部队当时是用来清剿河南流寇的，与袁崇焕击退后金军所用的骑兵部队是两码事。