12日晨日军攻陷城西南之中华门。日军于13日晨9时许始由中华门及中山门涌入市区，三个月的“南京大屠杀”随即开始。

三十四万同胞惨遭日军屠杀。

日军围南京城的几天，不断散发传单，宣称“日军将尽力保护良善的人民，使他们能安居乐业”。

同时日机大量散发优待证，劝守军交枪投降∶待凭证（绝对不杀投诚者）凡华军士兵，无意抗战，竖起白旗，或高举两手，携带本凭证，前来投诚归顺日军者，日军对此，必予以充分关照，且代谋适当职业，以示优待。

12月10日，日军总司令松井石根大将更散发传单，劝守军总司令不战而退，并保证“对于非武装的平民与不怀敌意的中国军队，则采取宽宏和善的态度”。

但事实这一切都是谎言。

日军于13日上午11时来到南京国际安全区，就杀死了因惊骇而奔跑的20名难民。

日军在入城后头几天的烧、杀、奸、掠有无数的资料可查证，但再没有比已在华传教二十余年的梅奇牧师（他当时担任国际红十字会南京分会的主席）。

于12月19日给他已去上海的夫人所写的信更真实了；“上周的惨状是我从来没有见过的，我从来没有梦想日本兵会是这样的一群野兽。

一星期的屠杀和奸淫，我认为远比近代所发生过的任何屠杀为甚，除土耳其人屠杀亚美尼亚人的惨案可与之相比。

他们不仅杀掉能见到的每一个俘虏，也杀了极大数目的老少平民，他们很多人像被猎兔子似的在街上被射杀，从南城到下关全城堆积着死尸。”

虽然南京安全区国际委员会于日军入城三天后，即雇佣100到200工人开始清除死尸。

世界红十字会南京分会自12月22日开始收埋尸体工作，收埋尸体最多的南京崇善堂自12月26日开始工作，但是南京城内仍是到处死尸。

德国大使馆罗森秘书于1938年3月4日自南京给德国外交部的报告∶“红十字会在为埋葬众多尸体而慢慢努力，部分尸体是刚刚从水塘和地下掩体（以前防空袭的掩体）中成堆成堆地打捞和挖掘出来的。

例如在大使馆邸附近主要街道的地下掩体就挖出许多尸体，郊区小港口下关尚有三万具尸体，这都是大恐怖时期集体处决的，红十字会每天埋葬尸体五百到六百具，漫步郊区在农田和水沟可见零星尸体。”

郭岐营长于1938年3月11日同教导总队睢友兰团长夫妇等11人搭渔船逃离南京，报导离南京不远登岸时所见∶“我们登岸一看遍地都是死尸。此地离南京城已有二三十里，时间已经过三个月，遍野死尸，无人过问处理。”

南京大屠杀的初期，以人数而论，集体被屠杀包括放下武器的战俘和逃难的难民比较多，零星被屠杀死亡的人数比较少。

正如贝德士在东京审判作证时所说∶“南京失陷后在两礼拜半到三礼拜的时间恐怖达于极点。”

梅奇牧师于1938年1月5日同贝德士谈话时提到，直到那天各领事馆人员还不准回南京城。

并说：“自从日军入城便屠杀解除武装的士兵和成千上万的平民，现在还在继续，机关枪仍不停地响。很多的时候他们懒得用枪来射杀，而用刺刀一个一个把受害者捅死。”

从1938年2月6、7日直到那年夏天，很多严重的暴行还在发生。

因此，据“安全区”的国际人士的统计与估计，“南京遭受强奸的妇女至少8万人之多。”

日军四出强奸妇女而奸杀并施，日以千起，我南京全城妇女，人人自危，日军蹂躏妇女之方式离奇惨虐，古今史册前所未闻。

中国妇女坚贞不肯受辱，或受奸含羞而投井和悬梁自尽者，何止万千。

日军入南京后大肆抢劫放火，不仅把南京商业区抢劫一空，而且纵火焚烧，日军入城后，见人就杀，遇屋即烧，烈火不停七周之久，夜晚照成白昼。

大火延至白下路、朱雀路、中华路太平路、中山东路，繁华商业区不数日而化为灰烬。

日军总司令松井石根于12月17日抵南京举行入城仪式，在南京逗留一周，12月20日后复作有计划的纵火烧城，市民有敢营救者，尽杀无赦。”