然而，没想到的是，在船靠岸前，一场厄运已经带走了爱德蒙的一切。船上有一名船员叫唐阁拉尔，一心想取代爱德蒙的船长的位置；另外，爱德蒙的情敌费尔南也在费尽心思诋毁爱德蒙。

这两个人臭味相投，把一张告密的举报信送到了检查局。爱德蒙在举行婚礼的那一天，被捕了。

在此之后，小人得志，好人受难。得知告密信得检察官维尔福，为了自己的仕途，起诉爱德蒙为极其危险的政治犯，导致爱德蒙被投入到了孤岛的死牢。在孤岛的牢房里，没有足够的食物和水，没有阳光和新鲜的空气，只有黑暗与寒冷，剩下的只有『潮』湿和那窸窸窣窣的老鼠声。

对未婚妻的思念和对老父亲的牵挂让爱德蒙在死牢里熬过了14个年头。在这期间，爱德蒙始终相信自己是清白的，并不知道信中所写的内容，相信终有一天检察官会来倾听自己的冤情。然而，时间是残忍的，爱德蒙的信念一点一点被消磨，在失望的同时也带来了『自杀』的念头。

历史总是惊人的相似，通过挖地道逃狱的事情也发生在了爱德蒙身上。不过，挖地道的人不是爱德蒙，而是一位被定为“政治犯”的神甫。因为计算错误神甫的地道没有挖到外面，而是挖到了爱德蒙的牢房。虽然神甫的越狱计划失败了，但是对于爱德蒙来说，神甫却犹如一双光明之眼出现在爱德蒙的黑暗世界中。此后，爱德蒙和神甫患难相交。

在埋怨上层不公的同时，神甫不断给爱德蒙讲习各种知识，化学，文学，哲学，医学，语言等等，让爱德蒙重新燃起了生活的希望。神甫在聆听爱德蒙的遭遇后，帮助爱德蒙分析出了谁害了爱德蒙。

在交谈中，神甫告诉爱德蒙一个秘密在一座叫基督山的小岛上，藏着一笔巨大的宝藏，得到它，可以拥有无人能及的权力和财富。

时间又过了数年。为了帮助爱德蒙越狱，老神甫借助『药』物装死，在阴湿昏暗的牢房里，狱警把爱德蒙当做神甫用裹尸袋包裹起来扔到了海里。

割开裹尸袋后，爱德蒙重新获得了自由。不久，爱德蒙就找到了那笔埋藏在基督山的宝藏。在那个金钱可以衡量一切的年代，爱德蒙迅速成为了一个声名远扬的大人物。在被『政府』册封爵位时，爱德蒙更改了自己的名字，为“基督山伯爵”。对于伯爵来说，逃出监狱的最大动力在于复仇，所以此书有另外一个书名叫《基督山恩仇记》。但是在复仇之前，伯爵打算先报恩。

法老号的船主时一名正直善良的人，不仅在爱德蒙被起诉时为之四处奔走，而且在爱德蒙入狱后照顾着他的老父亲。但是，船主因此在生意上被四处排挤，濒临破产。伯爵替他还了所有的债，送给船主一艘新的法老号，并给船主的女儿准备了一份丰厚的嫁妆。

“我已经替天报答了善良的人。现在复仇之神赋予我权力，命令我去惩罚邪恶的人！”伯爵的复仇之路从此开始。此时，检察官维尔福已经是巴黎检察院的检察官，唐阁拉尔成了银行家，费尔南被封爵并成了议员。利用费尔南杀害阿里总督的证据，费尔南最终被判以叛逃罪和暴行迫害罪，并且妻离子散。极度害怕与绝望，让费尔南最终选择了开枪『自杀』。

接下来，最大的仇人唐阁拉尔。

唐阁拉尔在战争中靠出卖情报发了发财。

爱德蒙利用自己的资金优势把唐阁拉尔的银行做空，并巧妙安排了一名罪犯与其女儿成婚，婚礼当天，罪犯被警察带走，唐阁拉尔颜面尽失。

“以眼还眼”，爱德蒙以其人之道还治其人之身，唐阁拉尔在得知基督山伯爵就是爱德蒙的时候，一头黑发瞬间变白，折磨与惊吓接踵而来。对于维尔福，爱德蒙利用他的花花往事和现存的家庭矛盾，导致维尔福的家庭走向了自相残杀。最终，巴黎检察院的检察官维尔福被『逼』疯了。

恩仇已了，爱德蒙决定离开巴黎。仿佛上帝交代他的事已经处理好，最终爱德蒙说“巴黎，再见”，便和阿里的女儿从此隐遁江湖。