大蛇丸自幼父母双亡，与自来也、纲手为木叶隐忍者学校的同期学员。

六岁在忍者学校毕业后，被分配到三代目火影猿飞日斩所带领的班级。

他被第三代火影评为“是个才华洋溢的少年，数十年才出现一个的天才”，因此得师父器重，也让自来也对其产生嫉妒之意，认为“猿飞老师心中只有大蛇丸一个”。

他跟自来也的关系一直处于互相支持，同时也互相竞争的状态。

在一次祭祖之时，三代目带着大蛇丸一起来到了大蛇丸父母的坟前，大蛇丸为父母送上了白色的花，随后碰巧遇见旁边的白蛇皮。

大蛇丸询问三代这是什么，三代告诉他这是白蛇的蜕皮，因为他第一次见到这个，而三代目也一样，毕竟这很少见，是很珍贵的东西。

大蛇丸又询问三代目为什么蛇的蜕皮是白色的，三代自己也不知道也不明白，因为没人会注意这种事。

不过，三代目告诉大蛇丸，以前白蛇是象征着幸运和再生的东西，在这里找到也是十分幸运。

受到三代目讲述白蛇蜕皮的感悟，大蛇丸感觉到人生的短暂，随后便试着找到能够不老不死以及复活死者的术。

他将白蛇的细胞植入了自己的体内，因此对大蛇与毒有了抗性，他与蛇签订血之契约，可以随时通灵出不同数量及种类的蛇。

并接连开发出潜影蛇手等衍生忍术，在第二次忍界大战中，他与油女龙马一起担任「根」组织的护卫，陪同志村团藏将有才能的孤儿兜用为间谍派往各国。

不久后，大蛇丸与自来也、纲手联手跟雨隐村头目“山椒鱼半藏”对战。

其他，木叶忍者死伤过半，只有他们三人能支持到最后，半藏因此赋予他们“木叶三忍”的称号。

随后雨隐村的一次任务中，他们三人偶遇三名雨隐村的孤儿，分别是弥彦、小南和长门。

原本大蛇丸想杀死三个战争孤儿，但他们因为有自来也的维护而存活了下来，更得到自来也传授忍术。

第三次忍界大战中，木叶的三忍在众多的战役中立下很多功劳，将那传说之名构建了起来。

然而，不幸的事情也随之来临，自来也接到一个蛤蟆送来的卷轴，他们得知那三个孩子死了。

自来也意识到自己曾经的做法是错误的，然而，这也是大蛇丸预料之中的事情，毕竟战争是残酷的。

在任务结束后，三忍一起来到了牺牲者的坟墓前，向他们致敬，纲手询问自来也接下来要去做什么，自来也还要继续踏在修行的旅途中。

他认为，或许能在某处再次遇到能够改变这个世界的弟子，大蛇丸认为自来也没事找事做，随后自来也询问大蛇丸，难道不打算找后人继承自己的忍道吗？