在路上，佐助再次碰到音忍四人众。音忍给佐助提升咒印状态的药丸，吃下药丸进入假死状态的佐助被封印到特制的棺桶中，四人组带着棺桶前往大蛇丸的实验基地。

这时，鸣人等人也开始了营救佐助的任务。最终鸣人在终结之谷追上了佐助。

佐助见鸣人穷追不舍，便声称要杀死鸣人。

鸣人虽然感觉到佐助的杀意，但决定无论用什么手段都要把佐助带回村子。

两人开始战斗，一开始佐助稳占上风，后来鸣人使用体内九尾的力量压制佐助，但佐助的写轮眼升级，又再度将鸣人击倒。

这时鸣人体内的九尾查克拉环绕在鸣人周围，并长出一条尾巴，而佐助则直接变成咒印状态，外貌好像鹰。

两人各自使出绝招——鸣人九尾形态的红色螺旋丸和佐助咒印状态的黑色千鸟在终结之谷的大瀑布上对拼。

僵持状态下，佐助击中鸣人，而鸣人只在佐助的护额上划出了一条裂纹。两种强力忍术的碰撞产生了巨大的爆炸，爆炸的威力足以山崩地裂。

战斗以佐助的胜利而告终，但是佐助并未杀死鸣人，因为他决定用自己的方式获得力量，而不是像鼬所希望的那样，为了开启万花筒写轮眼而杀害同伴。

佐助离开了鸣人，来到大蛇丸身边。

佐助性格变得更加冷酷，初次见面就用写轮眼震慑住了佐井。

他自称斩断了与鸣人的羁绊，全身心地追求力量。和其他音忍不同，佐助对大蛇丸既不恐惧也不尊重。

他没佩戴音忍的护额，身上唯一的标记是宇智波一族纹章。与新第七班见面后，佐助毫不留情地攻击了鸣人和樱。

在两年的时间里，佐助的实力得到提升。他使用草薙剑作为武器，并对雷遁忍术进行了各种新开发。

由于大蛇丸的影响和自身的努力，佐助完全掌握了控制咒印的力量，瞳力也变得深不可测，甚至可以通过写轮眼与鸣人体内的九尾对话。

九尾对佐助的出现感到很吃惊，他说佐助的查克拉简直和以前的宇智波斑一模一样，佐助对九尾所说的事情不感兴趣，并开始压制九尾的查克拉。

九尾于是威胁佐助不要杀死鸣人，否则会后悔。在打倒所有人后，佐助准备使用绝招将众人一举歼灭.

这时大蛇丸和药师兜出现，兜劝说佐助留下第七班，这样可以削弱“晓”的力量，便于他对鼬的复仇，佐助勉强同意，接着三人便消失了。

自立门户-在摆脱大蛇丸控制后，佐助释放了被大蛇丸关押的水月。

接着两人来到南秘所，说服了具有特殊能力且对佐助抱有爱慕之情的香磷入伙，并释放了所有的囚徒。

之后佐助一行人来到北秘所，准备释放咒印力量的源头──重吾。

重吾拥有双重性格，平时性格温和，但当咒印爆发时就抑制不住杀人的冲动。