自1646年九月八日开始，完成了阶段休整并等到了后方运上来的粮秣的孙传庭、黄蜚两部再次以水陆并进的方式向万县发起了进攻，袁宗第、辛思忠两部虽然节节抵抗，但却根本挡住不孙、黄两军的进攻，最终于当年九月二十六日这一天，丢掉了万县。

在孙传庭和黄蜚两部夺取万县的前一天，在达州等地拥明士绅、地主武装的引领下，作为偏师的明军马得功部在夺取了豆山关后，开进了新宁（开江）县城；受到马得功部进驻开江的鼓舞，达州士绅驱逐了城内的小股顺军，宣布与东乡（宣汉）一起重新归入大明的治下。

达州易手后，明军便可以沿着铜锣山与明月山之间的平原通道直扑大竹、邻水，并对渠县、广安州及重庆府城形成威胁，因此李自成显然不能坐视上述情况发生；然而，若是李自成抽调主力向达州方向反扑，又可能导致无法增援忠州方向，进而导致重庆门户大开；故而对于下一步该怎么办，顺军内部产生了意见分歧。

其中刘宗敏、刘芳亮等人重提了率部返回陕西的主张，而高一功和李过却觉得眼下张献忠也没有赶自己走，且四川的条件要比陕西好了不知道多少，因此能在四川维持下去。

李自成也深知要想恢复实力，就必须回陕西招兵买马，但又舍不得四川的好处，正在患得患失之际，遵义方向的明军曾英部又在綦江方向蠢蠢欲动；此外，忠于明廷的石柱宣抚司、酉阳宣抚司的土司们也接到了孙传庭以东阁大学士、督师名义下达的召集令，屁颠屁颠的加入对彭水、武隆方向的进攻，又对涪州造成了威胁。

眼见得形势似乎对顺军越来越不利，李自成被迫做出了放弃重庆，退守合州、顺庆的决定，于是，经历千辛万苦后的明军，遂于当年十月二十一日，兵不血刃的收复了已经空无一人的重庆府城及周边同样是十室九空的酆都、涪州、长寿、江津、梁山（梁平）等县，并顺势夺取了还在张献忠控制下的合江、纳溪和泸州等处。

得知明军再次控制重庆府后，重庆府境内的垫江、璧山、永川、铜梁及顺庆府境内的大竹、邻水等县也闻风而起，第一时间回归了大明的统治之下。

由于在云阳、万县、忠州、酆都、涪州、长寿等地都留置了必要的防守兵力，由于向达州方向派遣了马得功等独立作战的营头，由于之前征战的损失，因此在夺取重庆府城后，孙传庭部的总兵力已经从最初的3.5万人，降低到了只有2万出头，不过由于曾英部和酉阳、石柱等地土司武装以及闻风而来的各地地主武装的先后加入，孙传庭部的实力很快得到了回复，甚至进一步增强到4.5万人的规模。

于是经过深思熟虑后，孙传庭命令曾英率部7000进驻泸州，以拱卫重庆上游方向，并留3000兵马守卫重庆，自身带着剩余35000兵马沿涪江北上，威胁合州一线。

面对孙传庭的步步紧逼，李过提议联合张献忠部与孙传庭进行大决战，一举打垮孙传庭，彻底改变西南战局；但刘宗敏等人根本不信任的张献忠，并担心为张献忠做了嫁衣，因此他们针锋相对的提出了顺军立刻北上，然后坐观孙传庭部与张献忠交手的提议。

李自成一时不能决断，正在左右为难之际，率部在保宁州境内活动、顺带打探陕西形势的刘希尧给李自成送来了满清的接洽使团。

由是，在明廷派员与清廷使团在南京城外栖霞山展开第一轮接触后第三天，清顺之间的谈判也在怀庆城内秘密展开了。