顾佐，不管是任职御史，还是担任应天府尹，都廉洁奉公，很有威望，在职期间革除弊政，澄清吏治，但因此也很是得罪了一些权贵，被他们视作眼中钉。永乐后期，权贵阶层联合起来对他进行排挤，顾佐最终离开京都，改任贵州按察使，仁宗朱高炽即位后，顾佐被召回任通政使。

宣德初年，受三朝元老杨士奇、杨荣等人的推荐，升任都察院右都御史，奉命考察所有御史是否称职，刚上任即上奏废黜了严日岂、杨居正等二十人，还有八人被降职，三人被罢免，然后又推举进士邓荣、国子生程富、在京候选的知县孔文英、教官方瑞等四十余人，都得到皇上同意，并赐予敕书，令他纠察罢黜不法官员，一时朝纲肃然。

朱瞻基对顾佐非常信任，曾有人上告顾佐判案不公，导致冤案，宣宗说：“这一定是犯了重罪的人教他这么干的。”，命法司会审，果然是千户臧清，杀死三个无罪的人，应被处死，便派人诬陷顾佐，便亲自下旨，将臧清押到市场肢解。类似这种对顾佐弹劾报复的事情层出不穷，但一来有皇上的信任，二来有内阁大学士杨士奇、杨荣等人的保举和维护，所以顾佐每次都能洗刷冤屈，化险为夷。

正统年间，顾佐上书请求退休，得到准许并获赐敕书以奖励安慰，还得到户部免除了赋税徭役。正统十一年，顾佐去世，享年七十一岁。