指派都司卢镗率明兵由海门进兵，攻克倭寇巢穴双屿港，活捉日本人稽天和中国海盗许栋等，并筑塞双屿，堵击倭寇，又将捕获之通倭罪犯统统处死。朱纨的行动触犯了闽浙地主豪绅的利益，又因在日本贡使周良的处置问题上，与主客司、福建籍的林懋和发生矛盾，招致闽人官僚仇恨。七月，吏部采御史、闽人周亮及给事中叶镗言，奏改纨为巡视，以弱其权。纨愤而于次年春上疏争之，并陈明国是、正宪体、定纪纲、扼要害、除祸本、重断决六事。

俘获海盗李光头等九十六人，亦尽诛之，在朱纨严格海禁之下，当地沿海逐渐产生不满情绪，并且越发严重，据《明史》记载：“闽人资衣食于海，骤失重利，虽士大夫家亦不便也，欲沮坏之。”最终导致御史陈九德却劾朱纨擅杀走私犯人九十六名。

朝廷遂革纨职，朱纨愤而自杀，朝野为之叹息，但自此明廷罢巡视大臣不设，中外不敢言海禁事，海防废弛，倭寇更加猖獗，荼毒东南沿海十余年。