宰辅沈一贯以“妖书”之事，欲陷害礼部尚书郭正域，事发紧急，陶望龄与状元唐文献，同僚杨道宾、周如砥一同来见沈一贯，正色责以大义，并愿弃官与郭尚书同死，在众官员的救护下，郭正域的案情才得到缓解。陶望龄曾上《正纪纲》之疏，内中言道：“大臣所是，小臣所非，相援相讦，以成曹耦。下以非法争法，上以烦言止言。一议反复，而数月未定；一语纠结，而累牍不止。则大臣与小臣不交。”指出内阁重臣与朝廷众臣之间互相缺乏沟通的四种弊端，造成“精神不运，而问纪纲。纪纲不调，而问风俗。马不进而策车，御不役而咎马。”的怪现象。可惜他关系国计民生，切中时弊的奏章，并未受到重视，陶望龄还上疏议论边防之事，同样未被采纳。

陶望龄请假回乡，袁宏道正任江苏吴县县令，陶望龄特慕名前去拜访，两人长谈三日，引为知交。袁中郎辞官来到绍兴，与陶望龄同游越中山水，对绍兴的奇山、怪石、秀水产生了浓厚的兴趣，写了不少有名的诗句，使绍兴山水名扬天下。

有一天晚上，袁宏道在陶望龄家随意抽取书架上的书，拿到《阙编》诗一卷，纸张印术俱劣，而且都被煤烟熏黑了，但袁宏道在灯下读了没几首，就惊讶地跳了起来，忙问陶：“这《阙编》诗的作者是谁？是古人？还是今人？”陶说：“这是我的同乡徐渭先生写的。”于是，两人一起在灯下读诗，读了就叫好，叫好之后再读，入睡的童仆都被他俩吵醒了。在袁宏道的鼓励下，陶望龄花很大力气，将著名画家徐渭散佚的作品搜集整理，编成了长达三十卷的《徐文长集》。