476年，西罗马帝国灭亡，四年后彻底毁灭，东罗马拜占庭帝国成为唯一的继承者。而罗马教会逐渐在西罗马范围成为政治势力，单性论思想也仍在亚历山大港占据主流。550年，皇帝查士丁尼一世收复罗马及亚平宁半岛。553年，查士丁尼在君士坦丁堡召开第五次大公会议，大主教奥提楚主议，商讨单性论与双性论共融，统一国内思想。但会后争议继续。

565年，查士丁尼死去。帝国逐步瓦解。680年到681年，皇帝君士坦丁四世在君士坦丁堡召开第六次大公会议，大主教额我略一世主议，基于叙利亚、埃及等保留单性论的领土被伊斯兰教势力侵略占领，决定放弃合议和收复，宣判单性论作异端思想。教会也迎来第三次分裂。同时，追加支持单性论，但死去的前罗马主教霍诺略异端罪，时任罗马主教利奥二世批准。

726年，罗马伊苏里亚王朝首任皇帝利奥三世基于偶像崇拜的嫌疑，下令禁止礼拜圣像。730年，圣像破坏运动开始，大主教日耳曼一世因反对被罢免，自白者巴西尔、大马士革主教若望被捕。反对破坏运动的势力被镇压。741年，君士坦丁五世继任后，陆续处斩反对者。但民众长年养成的信仰习惯并未因皇帝的政策而废去。君民矛盾加剧。

752年，教皇国基于丕平献土成立。至此，罗马、亚历山大港、安条克、耶路撒冷全部脱离罗马帝国，成为自治教会。国家教会瓦解。780年，罗马皇帝君士坦丁六世继任，基于信徒、神职人员对圣像破坏运动的抵触情绪，找到母亲伊琳娜女皇商议废止禁令。787年，君士坦丁与伊琳娜在以弗所召开第七次大公会议，大主教泰腊修、罗马主教爱德盎一世的使节主议，毁坏圣像被判为异端思想。东部教会礼拜生活恢复正常。

公元9世纪，因三位一体的圣神是从父来，还是从父和子来的“和子说”争议，以及基督信仰传入保加利亚、基辅罗斯后的教会斯拉夫语礼拜是否合理等问题，东、西教会的分化继续加剧。820年，东正教会及东欧世俗社会历史上的伟人佛提乌出生。佛提乌任职帝国大学的哲学教授，他对外反对罗马的和子说，对内资助西里尔与美多德去斯拉夫人地区宣道、收集7世纪因战乱遗落各地的古希腊文献、拓展教会的势力范围。

851年，佛提乌担任帝国大法官。858年，皇帝米海尔三世废黜大主教依纳爵，改立非神职人员的平信徒佛提乌，遭到依纳爵所在修道会为主体的群体不满。依纳爵势力与罗马势力联合。867年，罗马主教尼阁老一世宣布废黜佛提乌。869年，皇帝巴西尔一世为改善与罗马的关系，而在君士坦丁堡召开召开第八次大公会议，罗马主教使节主议。会后，佛提乌被判处为异端。而经过此事，强调正统的东正教会与强调至公的天主教会两个宗教政治势力基本定型。

879年，皇帝巴西尔重新召开第八次大公会议，基于前次会议结束后希腊方面的异议，以及未能获得罗马方面在政治上的让步，决定恢复佛提乌的名誉与大主教位置，且得到罗马主教的特使批准。866年，巴西尔死去，佛提乌培育的利奥六世继任。最后佛提乌被利奥流放到亚美尼亚，死在那里。200年后，大主教米恰尔与罗马主教利奥九世关于习俗差异、弥撒是否使用的无酵饼圣体等西方教会差异发生争执。

1054年，利奥派遣枢机主教的亨拜作为使节访问君士坦丁堡。期间亨拜认为自己遭到怠慢，于是将绝罚书贴到圣索菲亚大教堂的祭坛。米恰尔则对亨拜一行人还以同样的绝罚。是为“东西教会大分裂”。教义的纷争，也使得东、西方人民在文化、组织、政治环境上的敌对情绪日益加剧。但罗马新主教继任后，双方恢复了一般交流，继而商讨合一的问题。而历任罗马皇帝也因伊斯兰教势力侵入叙利亚、安纳托利亚造成的压力，寄希望于调停教会矛盾，以便得到西欧的援军支持。

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