过了玉蟾阁就是紫阳杏林殿，杏林殿内敬奉的是南宗初祖紫阳真人张伯端，张伯端是北宋人，也号紫阳，故有紫阳真人一说。他着的《悟真篇》一书被誉为南宗开篇道引，是南宗一脉慧命真源。殿中除了紫阳真人外还供有石泰，石泰是江苏常熟人，号翠玄子。在民间行医施药，济世救人，且不受报酬，故被民间尊称为杏林真人。

在紫阳杏林殿右侧是道光翠虚殿，殿内敬奉南宗三祖紫贤真人薛式、四祖翠虚真人陈楠。薛式是北宋阆州人，号道光，南宗弟子尊称之“紫贤真人“。陈楠是北宋时琼州人，号翠虚子，被称为“翠虚真人“，在民间以符药治病，时常抟符药为丸，治病每有奇效，民间因而敬称之为“陈泥丸“。

在文笔峰北侧是七星亭，从山脚至峰顶，依傍山势建北斗七星亭。自下而上，分别名为瑶光、开阳、玉衡、天权、天玑、天璇、天枢。

再往文笔峰上走就是三清坛，三清坛是文笔峰地势最高的建筑。玉蟾宫不设代表道教最高信仰的三清神殿，但在最高的峰顶上建坛供奉三清尊神，以表达天上人间浑然一体的意象。坛上设三座铜质香炉，供道教信徒向三清道祖表达敬意。由南路往上走，经玉蟾阁可以登上三清坛，象征按照南宗的道德性命之学进行修持可以实现信仰，从七星亭北路也可以登上三清坛，以表现踏天罡、朝玉京的道教传统教义。

往下是药王殿，药王殿内供奉药祖神农氏、药王孙思邈、药仙李时珍。药祖神农氏是上古“三皇“之一。神农氏遍尝百草，教百姓种植五谷，辨认各种草药，被推为天下共主，后人尊称为“炎帝“。孙思邈是唐代着名医药学家，着《千金方》等，被奉为药王。李时珍是明朝大医学家，写有《本草纲目》，被奉为药仙。

除了上面的一些神殿，玉蟾宫还有天后殿、碧霞殿、三洞书院、财神殿、文昌阁、月老殿、元辰殿、影壁、转运殿和观音殿。

天后殿内供奉的是天妃、天上圣母，俗称妈祖。是北宋时诏封的“顺济夫人“，元朝时封“护国明着天妃“，清朝又封“昭灵显应仁慈天后“。其救海难，活民命，信仰在东南亚沿海地区流传极广。

碧霞殿内供奉的是碧霞元君，碧霞元君是东岳泰山神之女，诞辰于四月十八日。据西晋张华《博物志》记载的古老传说，早在商周之际，碧霞元君就显现神迹。当时，周文王委任姜太公为灌坛令，管理水利灌溉方面的事务，但长年无风无雨。某日，周文王梦见一妇人当道夜哭，问其故，妇人回答说，“我是东岳泰山神的女儿，嫁给西海神童为妇。现在灌坛令挡住了我回泰山省亲的道路，我若得行，必有大风雨。”因为姜太公是有德君子，所以我不敢以暴风雨惊扰他。次日，周文王召姜太公回朝，果然有暴风雨由东向西刮过，周文王因知姜太公有德，于是拜太公为大司马。

由于泰山在五岳中据守东方，配四季为春，配五行为木德，每年春回大地，总是泰山先绿，所以在我国古代，泰山是大自然的生命力生生不息的象征。碧霞元君作为泰山神之女，因此有保佑妇女儿童的神职，慈祥和蔼，被民间称为泰山娘娘、送子娘娘和护童娘娘，这些都是碧霞元君的分灵化身。

三洞书院既是玉蟾宫的藏经院，也是玉蟾宫举办学术论坛、进行传统文化教育的重要场所，经院由结构相对复杂的仿古建筑群构成，错落有致，整体风格清新儒雅。

财神殿内供奉的是关圣帝君、刘海蟾祖师、玄坛赵公明元帅三位神主。关圣帝君即关羽，民间称关公。关公的忠诚信义，是获得财富和拥有财富背后的精神支柱，被奉为武财神。