还师至榆木川时，朱棣驾崩，年六十五，随行太监马云不知所措，秘密地与阁臣杨荣、金幼孜商议处置之策。杨、金二人认为六军在外，离京师尚远，应该封锁皇帝驾崩的消息，之后又熔锡为棺，以礼装殓成祖之遗体，放在御车中。为掩人耳目，二人还做到了“所至朝夕进膳如常仪，益严军令，人莫测”，有人建议以他事之名书写一道敕令，将皇帝驾崩的消息告诉留守北京的皇太子，杨、金二人反对说：“先帝在世时诏令称‘敕’，如今皇上已经驾崩了如何称‘敕’，如此是为诈，罪不小。”众人皆点头称是，二人遂草拟遗诏，令皇太子朱高炽继皇帝位。

杨荣与御马监少监海寿先行回京，驰报皇太子成祖晏驾之事，金幼孜则在后负责护送成祖梓宫回京。八月甲辰，杨荣到达京师，皇太子朱高炽派自己的儿子皇太孙朱瞻基，前往开平奉迎成祖梓宫，己酉，皇太孙至军中，始发丧。民间盛传金幼孜“七日为君”的故事，大致说金幼孜护送成祖梓宫回京途中一切诏令皆出自幼孜之手，代行皇帝之权，距杨荣到达京师之日刚好七天，故曰“七日为君”。然《明史》中说杨荣在七月壬辰开始出发回京，在八月甲辰抵达北京，以此推算，其间有12天，不止7日，故此事虽有之，然时间不确。

太子朱高炽即皇帝位，是为仁宗，仁宗对于永乐朝内阁旧臣，尤其是当过自己老师的杨荣、杨士奇、金幼孜等人更加倚任，皆委以重用。幼孜进官户部右侍郎，仍兼文渊阁大学士、翰林学士之职。宣宗被立为皇太子，群臣加恩，幼孜拜资善大夫、太子少保兼武英殿大学士，礼遇甚厚。

仁宗命金幼孜、杨荣、杨士奇三人，在北京承天门外一起审理囚犯，并给刑部、都察院、大理寺三法司下诏，规定以后审判重要案犯必须要金幼孜、杨荣、杨士奇三位内阁大学士参加。仁宗在西角门召见廷臣，颁赐制诰，并对金幼孜、杨荣、杨士奇三人说：“三位爱卿和吏部尚书蹇义、户部尚书夏原吉都是先帝信赖的重臣，朕也要依靠你们治理好天下，朕曾经听闻以前的君王不喜欢大臣的直言劝谏，即使是自己的亲信之臣，也害怕皇帝的威严，一味顺从皇帝的旨意和脸色，常常保持沉默以自保。贤良之臣，言不见听，退而杜口。朕与卿等应该引以为戒啊。”遂赐金幼孜、杨荣、杨士奇、蹇义、夏原吉五人银章各一枚，上面刻有“绳愆纠缪”四字，意思是如果皇帝或者朝政有什么过失，他们五人可以凭此上述直谏，不受阻碍。仁宗在五人的诰词后加上了两句话——“勿谓崇高而难入，勿以有所从违而或怠”，鼓励他们直言，幼孜等人见仁宗如此信任倚重，皆顿首称谢。

金幼孜由于自从考中进士在京师为官，25年来从未回过家乡，思乡念亲之情可想而知，故金幼孜上奏仁宗说母亲罗氏年老、自己又长年未回，甚是想念，望皇上体谅臣子之心，准其归乡看望母亲。仁宗表示很理解，同意其回乡省母，并给以兵部勘合，可以享受沿途驿站的招待，在金幼孜之前，朝中大臣没有请假归乡看望亲人的先例，至此皇帝下诏，规定若三年以上未与至亲相见的，可以告假归省。金幼孜回家后不久，生母罗氏便去世了，幼孜遂留在培山老家处理母亲的丧事，宣宗皇帝即位后，下诏起用，恢复原官，又命幼孜担任总裁官，负责纂修成祖、仁宗两朝实录。

宣宗命幼孜持节前往宁夏，册封庆王府中安化郡王和真宁郡王的王妃，幼孜所到之处，详细询问兵士、百姓之疾苦，一一记录下来，回朝后上奏皇帝，宣宗皆听从接纳。永乐、洪熙两朝实录修成，皇帝颁赐幼孜白金鞍马、金织袭衣等物，并赐宴于中府。幼孜跟随宣宗巡视边关，经过鸡鸣山时，宣宗说道：“唐太宗恃其英武征辽，尝过此山。”幼孜对曰：“太宗寻悔此役，故建悯忠阁。”宣宗又说：“此山崩于元顺帝时，为元亡征。”幼孜再对：“顺帝亡国之主，是山不崩，国亦必亡。”

年过花甲的金幼孜患疾，宣宗命御医前往金幼孜家中诊断，幼孜病情恶化，同僚好友杨荣、杨士奇前往其家看望，幼孜病重之时仍废私念公，说道：“死无足惜，但愧无以报朝廷、益生民。”家人请求幼孜上书祈恩于子，幼孜正色说道：“此君子所耻也。”说完，幼孜便离开了人世，享年六十四岁。

金幼孜有五子：长昭伯，娶吉水县周岐凤之女为妻；次武伯、坚伯、文伯、寿伯；女五，皆有归。对于幼孜之遗文，其子昭伯辑为十卷，编为《金文靖集》，于成化年间付梓出版。另外，幼孜还撰有《北征前、后二录》各一卷。

金幼孜为人比较内向，在内阁七人中最为静默，历事三朝皆为亲信之臣，宠遇不衰，然幼孜深知为人为臣要谦卑的道理，故其一生“不伐善”、“不骛名”，“眷遇虽隆而自处益谦”，还把自己生活起居之所取名为“退庵”，以表其心志。幼孜处理公务时勤恳踏实，与同僚相处皆能谦让，学问渊博，所作之文类其德性，故四方求文之人极多，世人每得幼孜一篇文章或一首诗歌，皆视若珍宝。

明初文学创作以“台阁体”为宗，而幼孜即是其中的代表人物，金幼孜还擅长楷书、行书，书法造诣亦颇好，幼孜还曾经担任过一次会试考官、四次廷试读卷官。观其一生，清明自守，未尝以片语涉乱。既卒，自王侯公卿以下百官都前往哭吊，皆有“丧善人之叹”。同僚密友杨荣作神道碑铭，杨士奇作墓志铭。