木星的大气层显示广泛的活动现象，包括不稳定的带状物、旋涡（气旋和反气旋）、风暴和闪电。旋涡自身会呈现巨大的红色、白色或棕色的斑点（长圆形），最大的两个斑点是大红斑（GRS）和也是红色的BA椭圆。这两个和许多其他的大斑点都是反气旋，较小的反气旋倾向于白色，旋涡被认为深度不会超过数百公里，相对来说是较浅的结构。位于南半球的大红斑，是太阳系中已知最大的旋涡，它可以容下数个地球，并且已经至少存在了300年。BA椭圆在大红斑的南边，大小是大红斑的三分之一，是逐渐由3个白色的椭圆合并形成的红斑。

木星有威力强大、经常伴着闪电的风暴。风暴是潮湿的大气对流造成水的蒸发和结露造成的结果。他们是强大上升气流的启动源，形成明亮和浓厚的云层。风暴主要形成在带的区域。木星上有少数的闪电远比地球的更具威力，但是平均的活动水平只是可以和地球上的不相上下。

木星环系主要由亮环、暗环和晕三部分组成。光环的形状像个薄圆盘，其厚度约为30千米，宽度约为9400千米，离木星千米。光环分为内环和外环，外环较亮，内环较暗几乎与木星大气层相接。光环也环绕着木星公转，7小时转一圈。

如果光环要保持形状，它们需被不停地补充。两颗处在光环中公转的小卫星：木卫十六和木卫十七，是光环物质来源的最佳候选。

人类已经通过实验证明了闪电和存在于原始地球大气中的化合物组合可以形成有机物（包括氨基酸），可以做为生命的基石。这模拟的大气成分为水、甲烷、氨和氢分子；所有的这些物质都在现今的木星大气层中被发现。木星的大气层有强大的垂直空气流动，运载这些化合物进入较低的地区。但在木星的内部有更高的温度，会分解这些化学物，会妨碍类似地球生命的形成。同时，由于在木星的大气层中只有少量的水，并且所有固体表面都在深处压力极大的地区，因此被认为不可能存在任何类似地球的生命。

在木星的一些卫星，地表之下可能有海洋存在，导致这些卫星更可能有生物存在的猜测。

木星是太阳系中拥有较多卫星的行星。到目前为止，在这颗巨大的气体行星周围已经发现了79颗自然卫星，并且还有更多可能存在的卫星。

因而，人类的猜测具有无限的可能性。