再说王安石下台，吕惠卿升任参知政事后，逐渐品尝到了权力的甜头，既得意非凡，又患得患失。渐渐把王安石的恩情抛之脑后，更为可恶的是，吕惠卿还担心王安石东山再起，因此想尽办法阻止和打压王安石复官。

刚好郑侠上疏劾责吕惠卿朋比为奸，并举荐冯京做宰相，吕惠卿污蔑郑侠和冯京暗中联络。因为王安石之弟王安国，曾多次当面斥责吕惠卿奸邪，且和郑侠一贯友善。吕惠卿借郑侠案，无中生有，指责郑侠是王安国所指使，王安国因此被夺去全部官爵，遣送回家。此事让王安石十分不满。

虽然王安国不支持哥哥王安石的变法，但王安国毕竟是王安石的亲弟弟，打断骨头还连着筋啊！

王安国不仅反对变法，还私下多次劝告哥哥王安石，说吕惠卿是奸佞，要远离他。王安石一直不以为然，如今吕惠卿落井下石，拿王安国开刀，王安石能无动于衷吗？

不仅如此，吕惠卿还做了一件更让王安石伤心的事。因为王安石儿子王雱编写了一部《三经义》，这本是赵顼交代的政治任务，王雱完成得很出色。赵顼提升他为“龙图阁直学士”，按惯例，有名之士都会先上奏疏辞让，王雱也按套路出牌，上书辞让“龙图阁直学士”之职。吕惠卿却借此机会劝赵顼答应了王雱的辞让请求。王安石更加来火。

吕惠卿见既然背叛了王安石，索性撕开全部伪装，凡是能陷害王安石的地方，吕惠卿无所不用其极。王安石听闻后，心中是什么滋味呢？恐怕只有他自己知道了。

当时宰相唯有韩绛一人，韩绛此前因事被罢免过一次宰相，离开了中书省近两年，对于新法远没有吕惠卿熟悉，一些政务难以处理，几次和吕惠卿发生争论，虽然位居宰相，争论却不能取得优势，知道难以压制吕惠卿，便秘密向赵顼进谏，让王安石回来做宰相，压制吕惠卿。

赵顼此时也觉察到了吕惠卿的奸诈，同意了韩绛的建议。吕惠卿听说后，竟然想利用一个叫李士宁的道士，发起狱案，想加害王安石，同时向赵顼告发王安石弟弟王安礼、王安国两人的过失事，想因此改变赵顼的决定。赵顼并不糊涂，由此更加看出了吕惠卿的真面目，将吕惠卿所说的事密封给王安石，并召他回京恢复宰相职位。

王安石见状，快马加鞭，七天便赶到了开封，公元1075年二月，王安石第二次担任宰相，而此时，李士宁一案尚未定结。

王安石回归中央之际，恰好御史蔡承禧上疏弹劾吕惠卿朋党为奸，吕惠卿在家待命。王雱对吕惠卿恨之入骨，怂恿邓绾揭发吕惠卿强借秀州华亭（上海松江）富商钱五百万的事，揭发吕惠卿和知华亭县张若济一起买田盈利的事，十月，吕惠卿被贬，出知陈州。

同月，天有异象，彗星出现。赵顼忧心得饭都吃不下，王安石安慰道：“天灾是正常现象，在任何时期都不能避免，陛下不必忧虑。”

赵顼道：“朕还听说民间深以新法为苦啊！”

王安石辩解道：“冬天寒冷夏天暴雨，小民尚有怨言，这（指天象变化）不值得担心。”